首先是从单细胞RNA-seq数据筛选lncRNA,统计已知的未知的lncRNA以及每个发育时期的lncRNA数量,然后分析lncRNA与邻近基因的共调控关系,lncRNA-mRNA相关性分析和SOM(self-organizing maps)表达异质性分析。 通过生物信息学和功能筛选鉴定到6个影响造血作用的lncRNA 根据差异lncRNA和lncRNA的功能特征,筛选从EC-T1 pre-HSC...
因此,推测lncRNA BC041951可以作为预测胃癌发生的生物标志物,并进行后续的功能和机制研究,同时将lncRNA BC041951命名为GClnc1。 为了进一步探究GClnc1和胃癌的关系,作者做了一系列的生物信息学分析以及功能性实验。作者先将GClnc1敲除,然后借助RNA-seq来筛选GClnc1可能调控的基因。通过RNA-seq找到异常表达的基因后进行基...
耶鲁大学Snyder小组提出的RNA-seq技术背景信号噪音更低,准确度更高,不仅能识别新lncRNA还能对其功能以及初级结构序列进行分析,目前已成功应用于斑马鱼,果蝇胚胎形成过程生物学功能的研究。目前在lncRNA研究中比较成熟的技术还有qRT-PCR、Northern blots、 荧光原位杂交(fluorescence in situhybridization, FISH)和RNA基因沉默...
易基因开发建立MeRIP-seq2技术,显著提成IP平行性,实现不同样本间相对定量,降低检测成本。 易基因提供适用于不同科研需求的MeRIP技术: m6A甲基化-常量mRNA 甲基化测序(MeRIP-seq) m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化测序(lnc-MeRIP-seq) m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化测序(Micro-lnc-MeRIP-seq) 高通量m6A甲基...
3.3 LncRNA TRABA在DM37中对盐胁迫的反应比在TM-1中更强 进行转录组分析以鉴定位于GhBGLU24-A基因起始密码子上游835-2131bp处的未知RNA的转录。结果显示,这些转录物在DM37根中逐渐积累,对盐度诱导作出反应。RT-qPCR测定也验证了RNA-seq数据,并表明与TM-1相比,未知RNA在DM37中对盐诱导的反应中被高度转录(图2...
首先,研究人员通过RIP-Seq以鉴定PANC-1细胞中与c-Myc蛋白相互作用的功能性lncRNAs。结果筛选出了包括先前报道的c-myc相互作用的lncRNAs PVT1、EPIC1和MALAT1在内的各种lncRNAs。研究人员选择了前10个显著富集的lncRNAs来验证它们在PDAC细胞系中与c-Myc的结合。其中,适度保守的基因间lncRNA BCAN-AS1在两个PDAC细胞中...
图1. 在胃癌中NSUN2表达上调并与不良预后相关 2. NR_033928在GC中上调,且被鉴定为发生NSUN2甲基化的lncRNA 为绘制GC中lncRNA的m5C表观遗传修饰图,作者对3对胃癌组织及其癌旁正常组织进行基于m5C抗体的RNA甲基化测序和二代测序。结果显示,有254个表达失调和11107个不同程度甲基化的lncRNAs (图2A,B)。进一步...
RNA-BS-seq(RNA-Bisulfite-sequencing)是一种检测m5C的强有力技术。该技术利用重亚硫酸盐处理RNA,使RNA上没有发生修饰的C被转化为U,而发生m5C修饰的C碱基则保持为C。经PCR处理后,U转变成T,这样便将m5C与C区分开来。 易基因科技建立的升级版m5C RNA甲基化测序(RNA-BS-seq)服务,在经重亚硫酸盐处理RNA后,结合...
【05】lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹【忽略】 文中看这个 【06】鉴定新的lncRNA之上游流程【忽略】 上游流程,通常指的是ngs测序数据fastq文件。个人电脑难以完成,通常由公司完成。吃力不讨好 而下游就是表达矩阵的一系列统计学分析, 包括PCA,相关性热图,层次聚类图,差异分析,火山图,表达量热...
第二呢，你的注释文件也就是gtf中lnc RNA占比较小，另外lnc好像只是部分具有polyA。所以，先天性能被...