大多数发表的RNA-seq数据都是基于oligo-dT方法富集包含poly(A)尾巴的转录本,定位于分析转录组上的蛋白质编码区 (生信宝典注:部分lncRNA也有poly(A)尾巴)。但是这种方法除了会导致3ʹ端偏好外,很多不含Poly-A尾巴的非编码RNA,例如miRNA和增强子RNA不会被测到。完全不进行选择而使用全部提取的RNA也不合适,因为这...
近期,来自华中科技大学同济医学院附属同济医院肝脏外科的黄志勇教授团队在Molecular Therapy-oncolytics(IF:6.31)杂志发表了文章Oncogenic lncRNA BBOX1-AS1 promotes PHF8-mediated autophagy and elicits sorafenib resistance in hepatocellularcarcinoma,研究确定了BBOX1-AS1是一种致癌lncRNA,通过miR-361-3p/PHF8轴促进HCC...
RNA-seq对于lncRNA检测存在严重的局限性。由于lncRNAs丰度低和缺少全长注释信息,导致lncRNAs的定量不准。如果仅仅是定性检测一个lncRNA,少量的可重复测序reads即可满足需求。然而,由于RNA-seq数据过于分散而导致的Poisson误差,要实现精准定量,至少需要数百个reads [2]。然而,一般lncRNA的表达丰度只有mRNA的十分之一不到...
RNA-seq数据分析缺少公共lncRNA数据库,无法快速的系统性注释和分析lncRNA 不像蛋白编码基因已具有成熟的参考数据库,RNA-seq目前仍缺少公共的完善可靠的参考数据库,以用于原始测序数据的序列比对和注释。此外,RNA-seq的短reads在5’末端或3’末端覆盖度不均一,且经常存在RNA降解、或者逆转录过程不能完整的复制至RNA ...
LongRNA-seq是一种全面检测细胞和组织长片段RNA(>200nt)的转录组测序方法,包括线性的mRNA和lncRNA分子,以及环状RNA,可准确高效揭示转录组的表达全貌,是非编码RNA的重要研究技术.
一、为什么要做RNA-seq 先说下生物体内RNA的大致组成: 编码RNA:根据中心法则我们知道,DNA转录为mRNA,mRNA通过tRNA翻译为蛋白质,蛋白质行使生命功能,...
单细胞lncRNA测序(scRNA-lncRNA seq) 普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
公司的销售和我说,做lncRNA一般他们建议做链特异性文库,我查了一下,是链特异性文库可以记录转录本来自正链还是反链。 一般其实到这里我觉得记住就可以了,但是我觉得还是有必要进一步了解一下建库的原理,在网上搜了一下,信息还是蛮多的,主要就是要和公司确认用的文库制备方式是哪一种,比如按照illumina protocol, 做...
Seq-Star™ rRNA Removal Kit Seq-Star™ poly(A) mRNA Isolation Kit Seq-Star™ DNAClean Beads 相关资源 客户文章| m7G修饰的tsRNA促进骨关节炎发生的分子机制研究 RNA测序简介 服务特点 结果展示相对于传统的芯片杂交平台,RNA测序无需预先针对已知序列设计探针,即可在转录本水平和基因水平对整体转录活动进...