当前 lncRNA 研究主要采用高通量RNA-Seq 测序技术,并通过生物信息学方法对测序数据进行处理和分析,以挖掘其中 lncRNA 的序列、结构、表达及功能等信息. 本文将对基于 RNA-Seq 的 lncRNA 预测流程进行介绍,对其中涉及的生物信息学方法进行较为全面的综述,就相关问题和挑战展开讨论,并对研究进行展望. 关键词关键词 ...
lncRNA.seq=lncRNA,SS.features=FALSE,cds.format="DNA",lnc.format="DNA",check.cds=TRUE,ignore.illegal=TRUE)plant=readRDS("./Model/Plant_model.rda")Seqs<-seqinr::
目录 1、材料方法 1.1、玉米自交系B73顶端分生组织RNA-Seq数据 1.2、序列预清理 B73顶端分生组织的RNA-Seq测序数据 1.3、转录组重建 1.4、Coding/non-coding编码预测 1.5、基因组定位 1.6、同源比对分析 2、结果 2.1、基于RNA-Seq数据预测植物LncRNA的流... 2.2、玉米B73顶端分生组织的RNA-Seq数据预测... 2813006...
整个流程顺序执行.图右侧标示了lncRNA 预测流程的3个主要阶段:文库制备与测序、转录组重建及lncRNA 识别与分析;左侧分别对应各个子步骤. 成为转录组研究的重要技术.同时,RNA-Seq 也已取代覆瓦式微阵列成为当前lncRNA 研究的主要方法. 尽管现有的RNA-Seq 技术能够捕捉到lncRNA ,但要准确预测lncRNA 的基因结构和功能...
结果与RNA-Seq数据基本一致.预测关键lncRNA的靶基因并进行功能注释,结果显示其与低氧反应,氧化还原过程,低氧相关代谢等生物学进程有关.根据其功能将关键新候选lncRNA命名为 HRL-SC(hypoxia related lncRNA in stem cell).在不同氧气浓度和不同时间处理下发现HRL-SC在3%氧气浓度下表达量达到高峰.3.成功使用siRNA敲...
2.2.5 构建 lncRNA 和编码基因共表达网络 3.1 引言 3.2 RNA-seq 转录组数据拼接 3.2.1 Tophat 软件将转录本回帖到基因组 3.2.2 整合阿尔兹海默症和对照组的转录组数据 3.3.3 lncRNA 与 LNCipedia 数据库的比对 3.4 本章小结 第4 章 lncRNA 在 AD 中的差异表达分析和功能注释 4.2.3 R 包 DESeq 识别...
RNA pull down和RIP等方法研究lncRNA TCONS_00139850对bMECs炎症反应的调控作用.研究结果如下:(1)基于RNA-seq技术筛选差异表达基因:LPS可以(极)显著促进bMECs内促... 王晋鹏 - 《宁夏大学》 被引量: 0发表: 2023年 基于RNAseq技术的驴肌肉发育相关基因挖掘调控方法 本发明提供了一种基于RNAseq技术的驴肌肉发育...
基于6种氧化应激相关lncRNA的子宫内膜癌预后预测模型的建立 方法:从TCGA子宫内膜癌项目(TCGA-UCEC)获得RNA-seq数据,并通过EdgeR和共表达分析筛选oslncRNA.使用单变量Cox回归,LASSO算法和多元Cox回归获得预后相关oslncRNA,并... 马骥 - 中国肿瘤标志物学术大会暨caca整合肿瘤学高峰论坛暨肿瘤标志物青年科学家论坛暨中国...
预测,并筛选与lncRNA有相互作用的靶点数据;使用Cytoscape网络分析工具整合lncRNA-mi RNA和mi RNA-m RNA两类相互作用数据,建立lncRNA-mi RNA-m RNA初级生物调控网络;对网络模块进行分类分析,并基于网络进行GO功能注释分析和植物lncRNA调控功能预测等.通过本文设计的lncRNA与RNA相互作用研究模型,进一步阐释了植物lncRNA...