scrna-seq全称为单细胞RNA测序(Single-Cell RNA Sequencing),是一种在单细胞分辨率下分析基因表达水平的高通量技术。它通过分离单个细胞并检测其RNA组成,揭示细胞间的异质性,广泛应用于发育生物学、疾病机制研究和精准医疗等领域。下文将从技术定义、核心特点、应用场景及意义三个方...
一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。该方法旨在揭示整个样本中所有基因的表达水平,而不是单个细胞。 (2)单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 单...
前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中，有望在该领域找到新的突破点。近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-se...
1.按照10x常规scRNAseq的流程做定量 因为用到的是寻因生物的全长scRNAseq,所以分析软件是他们公司开发的seeksoul,而不是Cellranger。 但本质上都是内含STAR去做比对。 seeksoultools fast run \ --fq1 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R1.fq.gz \ --fq2 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R2.fq.gz...
不同的模式(例如scRNA-seq和scATAC-seq) 整合是一种强大的方法,它利用这些变化最大的共享源来识别条件或数据集之间的共享亚群[Stuart and Bulter et al. (2018)]。整合的目标是确保一个条件/数据集的细胞类型与其他条件/数据集的相同细胞类型对齐(例如,对照组巨噬细胞与实验刺激组的巨噬细胞对齐)。
4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq)(1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。