前列腺癌的致病机制涉及肿瘤细胞与肿瘤微环境之间的相互作用，将scRNA-seq和ST-seq技术应用于该疾病的研究中，有望在该领域找到新的突破点。近日，贵州大学人民医院朱建国教授团队在Cell Regeneration发表了题为“Application and new findings of scRNA-seq and ST-seq in prostate cancer”的综述文章，总结了scRNA-se...
一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。该方法旨在揭示整个样本中所有基因的表达水平,而不是单个细胞。 (2)单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 单...
4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq)(1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于microarray用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(比如...
通常来说,经典的scRNA-seq的protocol可以分为以下几个步骤: 从组织和细胞培养中制备细胞悬浮。 细胞筛选(基于表面marker、转基因技术、染色等)。(可选步骤😊) 捕获单个细胞(如wells,oil droplets)。 从每个细胞中提取RNA。 将RNA反转录为cDNA。 扩增cDNA(体外转录或 PCR)。
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
单细胞测序技术一直是讨论热度极高的话题,除了单细胞转录组测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq)也逐渐引起科研人员的注意,使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基...
1.重新分析已有的scRNA-seq数据,鉴定到癌症样本中细胞异质性。 2.进行细胞间通讯分析,找到关键信号通路上的配受体对。 3.使用bulk RNA-seq验证信号通路上配受体表达,排除假阳性。 4.用TCGA和GTEx两个队列,根据配受体对的基因表达进行生存分析预后。 中文题目: ...
单细胞 DNBelab C4 技术平台基于高通量单细胞建库系统 DNBelab C4,联合自主研发的 DNBSEQ 超高通量测序系统,可以实现单次测序数据产出规模达百万级细胞,可用于检测 scRNA-seq 及 scATAC-seq,在大幅降低建库成本的同时实现全局性的组织细胞图谱,是当前可以实现高通量、低成本、...
导读:单细胞RNA测序(scRNA-Seq)正被广泛应用于生物医学研究,并产生了巨大的数据量和多样性。原始数据包含多种类型的噪声和技术伪影,需要彻底清理。近期研究设计并开发了AutoClass模型,以最大化去噪和信号保留。AutoClass在多种类型的scRNA-Seq数据分析中优于最先进的方法,并且稳健。 正如询问单个人的健康情况将提供量...