其原理是将单个细胞中的mRNA转录本转化为cDNA,然后进行高通量测序。这种技术可以揭示不同细胞类型之间的转录组差异,发现罕见细胞类型,并且可以识别细胞在不同生理状态下的基因表达模式。 scRNA-seq的原理包括以下步骤: 1. 单细胞分离,首先需要将单个细胞从组织或细胞悬液中分离出来,确保每个细胞都能够被单独处理。 2....
然而,使用bulk RNA-seq,我们只能估计每个基因在细胞群中的平均表达水平☹️,没有考虑该样本中单个细胞基因表达的异质性。 举个栗子🌰,早期发育研究或大脑等复杂组织。 2.2 scRNA-seq横空出世 为了解决异质性的问题,2009年首次报道了单细胞水平的RNA-seq,即scRNA-seq, 与bulk RNA-seq不同的是,使用scRNA-seq...
因此,scRNA-Seq数据细胞聚类将面临以下计算挑战:稀疏性、高噪音、高维度。 |常见方法 细胞聚类的目标是根据细胞中各个基因表达模式的相似性(或距离)将一组细胞分组变成大类,使得这些大类成为有数学意义的亚群,这是scRNA-Seq数据挖掘的一个重要步骤和目标。目前有几种不同类型的scRNA-Seq细胞聚类算法,其中常用的方法...
单细胞RNA测序,通常简称为scRNA-seq,是一项革命性的生物技术,已经改变了我们对生命科学的理解方式。这项技术使研究人员能够深入了解单个细胞的基因表达模式,揭示了生物体内的细胞异质性和功能多样性。在本文中,我们将探讨单细胞RNA测序的意义以及它在生物研究中的应用。 一、单细胞RNA测序是什么? 单细胞RNA测序是一种...
一般一个人类scrna-seq 能检测到～25k基因,于是基因表达数据也被称为高维数据。我们知道, 并不是所有的基因都会表达,并且由于单细胞测序技术的限制,不是所有的转录分子都能被成功捕获,再加上测序深度的差异, 每个细胞中约能检测到10%～50%的转录分子,这导致了许多基因计数为0. 虽然通过数据的预处理我们能过滤掉...
scrna-seq 10x Genomics的原理主要包括以下几个步骤: 1.细胞悬浮:将细胞样品进行消化、机械分散等处理,得到单个细胞悬浮液。这一步骤的目的是确保每个细胞独立存在,以便后续的分析。 2.胶滴合成:将单个细胞与一组含有特殊的条码分子的胶滴(GEMs)相结合。GEMs是由微流控技术和油水分离技术生成的微型反应室,每个胶滴...
bulk RNA-seq是对细胞混合物进行测序，主要用于比较不同状态（如健康与疾病）的转录组。然而，这种方法无法揭示单个细胞内的基因表达变化。scRNA-seq则在此基础上向前迈进了一步，它能够检测并分析单个细胞内的基因表达情况，揭示细胞间的异质性，这对研究细胞分化、发育和疾病机制具有重要意义。scRNA-seq的...
技术原理 scRNA-seq的主要流程可以分为以下几个步骤: 制备单细胞悬液:从样本组织中提取并且制备单细胞悬液。 分离、捕获单细胞:常见的单细胞分离捕获技术包括荧光激活细胞分选 (FACS)、磁激活细胞分选、微流体系统和激光显微切割。 提取RNA:使用特定的试剂盒或技术将单个细胞中的RNA提取出来,进行质量检测和定量分析。
scRNA-seq的full-length文库构建与bulk RNA-seq相似,如SMART-seq2。 从理论上讲,full-length应该可以提供一个均匀的转录本coverage,但有时在coverage上还是有一定的偏差。 full-length一大优势就是可以检测到不同剪接体(splice variants)。😯 Full-length RNA library preparation for Illumina sequencing. ...