单细胞RNA测序（Single cell RNA sequencing, scRNA-seq）是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术；空间转录组测序（Spatial Transcriptomics sequencing, ST-seq）是一种将测序和成像技术相结合，用于检测整个组织空间系统中所有或大多数基因表达水平的方法。前列腺癌的致病机制...
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq),简单从字面理解,就是一种在单细胞水平上对转录组进行测序分析的技术。目前,这项技术已经得到了广泛地应用,并在应用中不断地快速发展,成为我们研究细胞类别、疾病发生过程等问题的有力工具。 为什么要用scRNA-seq? 传统的批量测序(bulk RNA sequencing)有一...
[1] Zhang Y, Hu J, Ji K, et al. CD39 inhibition and VISTA blockade may overcome radiotherapy resistance by targeting exhausted CD8+ T cells and immunosuppressive myeloid cells[J]. Cell Reports Medicine, 2023, 4(8). [2] Gao S, Wu Z, Arnold B, et al. Single-cell RNA sequencing cou...
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq),简单从字面理解,就是一种在单细胞水平上对转录组进行测序分析的技术。目前,这项技术已经得到了广泛地应用,并在应用中不断地快速发展,成为我们研究细胞类别、疾病发生过程等问题的有力工具。 PART. 01 为什么...
Common applications of single-cell RNA sequencing, from Trapnell et al., 2016 [5]. scRNA-seq 工作流程 这里小编对scRNA-seq技术简单介绍一下。当前scRNA-seq 的典型工作流程包括分离单细胞,提取RNA, 逆转录,扩增,构建文库和测序。早期的操作非常直接, 就是先将单个细胞逐个分离出来再分别进行建库,然而这种操...
单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing, scRNA-seq)对组织中的细胞进行独立分析,在细胞图谱构建、细胞亚群细化及稀有细胞类型鉴定、疾病标志性致病基因及干细胞发育分化等过程中发挥重要作用。单细胞转录组学在人类健康方面主要涉及发育研究、免疫系统研究和肿瘤的研究。
其实在阅读单细胞文献,并且整理文献阅读笔记的时候,每次都会都文章用到的数据进行了解和整理,也多次看到过ScRNA-seq(单细胞转录组测序)与SnRNA-seq(单细胞核测序),但是我基本上都是只确认是single cell RNA sequencing就结束了,目光锁定single cell 最近在根据单细胞测序书籍补充基础知识,才发现原来原来还有single-nucle...
单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术,能够获得每个细胞的mRNA表达信息,发现不同的细胞亚群以及相关信息,揭示细胞间基因表达的异质性并鉴定稀有细胞类型。scRNA-seq能够绘制肺组织细胞图谱,进行细胞谱系追踪,多角度、多层次和直观认识哮喘的发病...
其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for plant science research.Plant Science,2023. 阅读原文 http://Doi.org/10.1016/j.plantsci.2022.111535
尽管MuTect2、Strelka2和VarScan2主要用于DNA sequencing和bulk RNA-seq,但在这些算法的帮助下鉴定的变异可以与其他工具(例如VarTrix)揭示的单细胞簇相关联,以阐明基因型-表型关联。需要指出的是,除了SAMtools外,所描述的大多数算法都在一定程度上基于GATK。Liu等人的综述中对这些管道进行了更详细的比较。文献[118]...