1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。 2.snRNA-seq(Single-nucleus RNA sequencing)是一种用于测定细胞核中RNA分子的技术。它通过将细胞核从细胞中分离出来,然后进行RNA提取、转录本扩增和测序,...
转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
因此,探讨焦亡在CRC中的作用,可为深入了解CRC预后机制和抗肿瘤免疫活性提供新的视角。本研究通过bulk RNA-seq和scRNA-seq研究了焦亡在CRC中的作用,为探索CRC的治疗提供了新的视角。 研究流程图: 研究流程图 方法: 1、CRC与正常样本差异焦亡相关基因的鉴定 2、焦亡相关风险模型的构建 3、不同焦亡风险评分(PRS)的C...
单细胞RNA测序(scRNA-seq )是一个飞速发展的领域,该技术帮助科研人员从一堆细胞(bulk)水平精细到单细胞(single-cell)水平研究基因的表达状态,从而可以更加精细的刻画科研对象的分子状态(例如细胞图谱,表达特征等)。目前该领域涌现了一大批用于单细胞RNA测序分析的方法,随着越来越多方法的出现,如何选择和组合使用这些方...
@ReadID READ SEQUENCE + SEQUENCING QUALITY SCORES一般来说,fastq 文件是使用质量控制工具(如 FastQC)进行预处理的。这将输出一系列评估序列 reads 质量的指标。⚠️但是fastq文件不一定是 单细胞 RNA-SeqFASTQ 文件是一种通用的测序数据格式,广泛应用于各种类型的测序实验,包括但不限于: 常规的 RNA-Seq(转录...
文章标题:《Comparative single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) reveals liver metastasis-specific targets in a patient with small intestinal neuroendocrine cancer》 发表日期和杂志:2020年发表在Molecular Case Studies上 在线阅读链接:https://doi.org/10.1101/mcs.a004978 ...
单细胞核糖核酸(RNA)测序(scRNA-seq)是一种用于估计新鲜组织中单个细胞的细胞组成和转录谱的有效技术。单核RNA测序(snRNA-seq)对于在冷冻或难以分离的组织中进行这种类型的分析是必要的,这些组织不能受到scRNA-seq的影响。组织状态的这种差异导致了每个平台中细胞类型分布的变化。为了确定这些方法的特点及其差异,对结肠...
单细胞RNA测序(Single Cell RNA sequencing,scRNA-seq)于2009年被首次提出和报道,被用于分析卵母细胞。当然,这几年单细胞测序的发展可谓一日千里。简单来说,单细胞测序的流程和bulk RNA-seq的流程是类似的:制备单细胞悬液、标记每一个单细胞的RNA、扩增、测序。
其实近年来肿瘤免疫微环境一直比较火,但是主要聚焦于T Cell,而这篇文章的目光放在了B Cell上。鼻咽癌的单细胞文献我们之前也讲解过(文献阅读(二十三)、鼻咽癌&肿瘤微环境&scRNA-Seq) 这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker,主体是数据挖掘的内容,也就是说基本无需经费。文章...
《RNA sequencing: the teenage years》这篇综述翻译了一下,全篇汉字大约是3万字,比较长,为了方便阅读,把它拆成3篇放出来,分别是上,中,下篇。 上篇讲的是常规RNA-seq的发展; 中篇讲的是常规RNA-seq数据处理的一些流程与工具,例如TopHat,STAR,RSEM,Salmon等; ...