当使用RNA-seq数据进行变异检测 (variant calling)时,UMIs也非常有用。高表达的转录本更容易达到适合变异检测的高覆盖率要求,尤其在考虑了重复reads时,而UMIs可用于移除PCR扩增引入的reads,从而校正等位基因频率的计算。UMIs已成为单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的文库制备试剂盒的标配,也越来越多的用于常规RNA-seq。 改...
bulk RNAseq 是相对于 Single Cell RNAseq 来说的。Single Cell RNAseq(scRNA-seq)是是一项由汤富酬等人在 2009 年首次发表的新技术。文章发表于 Nature Method,测序了 7 个单细胞,两个卵裂球,两个野生型卵子,两个Dicer 敲除的卵 子,一个 Ago2 敲除的卵子。 传统的 bulk RNAseq 进行转录组测序时,样品采样...
当使用RNA-seq数据进行变异检测 (variant calling)时,UMIs也非常有用。高表达的转录本更容易达到适合变异检测的高覆盖率要求,尤其在考虑了重复reads时,而UMIs可用于移除PCR扩增引入的reads,从而校正等位基因频率的计算。UMIs已成为单细胞RNA-seq (scRNA-seq)的文库制备试剂盒的标配,也越来越多的用于常规RNA-seq。 改...
bulk RNA-seq获得的是组织或器官等大量细胞中表达信号的均值,无法获取细胞之间的差异信息(即丢失了细胞的异质性), 而单细胞测序技术可以很好的弥补bulk RNA-seq这一不足,即获取混合样本中细胞的异质性信息。 文章单细胞RNA测序(scRNA-seq)Seurat分析流程入门中涉及Seurat对象的构建、访问和数据提取等操作,本文将对Seu...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
这篇文章主要是联合了bulk RNA-Seq与scRNA-Seq来挖掘与鼻咽癌预后相关的biomarker,主体是数据挖掘的内容,也就是说基本无需经费。文章思路十分清晰,讲解起来也比较容易: 视频无法显示,点击跳转查看原文视频 B站同步播出,连播跳转更方便,文末阅读原文可直达:
单细胞转录组测序的兴起：单细胞转录组测序（scRNA-seq）技术可以解析单个细胞的基因表达谱，揭示细胞异质性和亚群特征，已成为转录组学研究的前沿领域。多组学整合分析：将转录组数据与基因组、表观组、蛋白质组、代谢组等多组学数据进行整合分析，揭示基因调控网络和复杂生物过程的系统性理解，是未来研究的重要趋势。...
近几十年来,越来越多的研究使用RNA-seq数据探索了肺癌的潜在预后标志物,并提高了我们对肿瘤发生和进展的理解,但这些预后特征是基于RNA-seq数据,它无法检测肿瘤样本中确切的细胞和分子变化。单细胞RNA测序(scRNA-seq)能够在单细胞水...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术的飞速发展使人们对组织中细胞种类、细胞的特殊状态有了深入认识。但是,scRNA-seq对于器官或者固体组织制备的细胞悬液的细胞活性和细胞数目有着较高的要求,这也意味着 “躺在”超低温冰箱中的大量珍贵临床样本(脑组...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)在生物医学研究中的应用,提高了对疾病发病机制的认识,并为新的诊断和治疗策略提供了有价值的见解。随着包括临床样本在内的高通量scRNA-seq数据的扩大,对这些大量数据的分析已经成为进入这一领域的研究人员的一个必须面对的前景。在这里,回顾了典型scRNA-seq数据分析的工作流程,包括原始数据处理...