scRNA-seq与bulk RNA-seq的联合应用双重奏Nature Medicine曾发表一篇关于转录组分析的双重奏报道。文章通过scRNA-seq与bulk RNA-seq联合应用探索与黑色素瘤患者免疫检测点阻断毒性相关的T细胞特征,发现治疗前外周…
一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。该方法旨在揭示整个样本中所有基因的表达水平,而不是单个细胞。 (2)单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 单...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细…
然而,使用bulk RNA-seq,我们只能估计每个基因在细胞群中的平均表达水平☹️,没有考虑该样本中单个细胞基因表达的异质性。 举个栗子🌰,早期发育研究或大脑等复杂组织。 2.2 scRNA-seq横空出世 为了解决异质性的问题,2009年首次报道了单细胞水平的RNA-seq,即scRNA-seq, 与bulk RNA-seq不同的是,使用scRNA-seq...
作者通过开发了一个反卷积方法ProM将scRNA-seq和bulk RNA-seq数据进行整合。并通过多种方法验证其性能。作者通过上述方法发现UC患者上皮细胞和成纤维细胞亚群的异质性。并系统地识别并验证了与治疗反应和耐药性相关的细胞亚群。除此之外，作者还揭示了TME中的协调免疫网络，并说明了这些细胞类型主要富集于低氧通路以及对...
Bulk RNA-seq 和single cell RNA-seq的最主要区别在于单细胞测序代表单个细胞(single cell),而bulk测序代表一群细胞(a population of cells)。我们都知道单细胞转录组测序能够解决常规转录组测序无法解决的细胞异质性问题,对于推进医学和生物学研究进展具有极大的促进作用。现在很多的研究同时进行Bulk RNA-seq 和single...
Bulk RNA-seq研究能保证测序深度,实现转录本的均匀覆盖,但特异性不足;scRNA-seq研究能精细到细胞水平,去除污染,保证基因检出的高特异性,但低丰度细胞类型,转录本检出的敏感性又差。很多研究开始两种技术结合使用,追赶热点的同时,实现优势互补,提升基因表达检测的全面性和准确性。
文章利用单细胞数据筛选T细胞亚群和标记基因,然后利用标记基因在bulk-RNA数据中建模并分析,纯生信就轻松拿下6分+的文章,创新性足足的!还是那句话,还在观望的小伙伴,看到这个思路心动的话就快行动起来吧!发文好时机可不等人哦~ ~ l 题目:单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq的综合分析揭示了三阴性乳腺癌中T细胞相关的...
研究共选取了3个GEO数据集,其中既有scRNA-seq数据,也有bulk RNA-seq数据;既有人类AD患者的数据,也有AD小鼠的数据,两种数据相结合是本文的亮点之一。 此研究采用常规的单细胞分析流程,用AUCell包评估免疫相关基因集在细胞中的活性,此外还有常用的功能富集分析和PPI网络等。
文章通过单细胞测序分析,基于转录组分析(文章同时做了bulk RNA Seq和single cell RNA Seq)和染色质分析(ATAC-Seq)发现了新的树突状细胞(Dendritic Cell, DC)亚型,将以往的树突状细胞cDC2分为两个亚型,这两类DC细胞主要差异表达T-bet(一个T细胞相关转录因子)和RORγt(粘膜表面的一种多功能核受体,也是一种转录因...