单细胞lncRNA测序(scRNA-lncRNA seq) 普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性...
跟鲜活细胞的scRNA-seq相比,Patch-seq捕获到的基因显然更少,通量相对更低,然而正因为有不同的单细胞测序方法,使得从单细胞尺度上深入分析分子特征、形态和异常复杂组织的功能成为可能。 1.3.未来展望 1.3.1.空间转录组 单分子原位荧光杂交技术(smFISH)在2008年被开发出来,用作单细胞尺度的组织RNA定量,它使用带荧光...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq最近被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
LCM是与全转录组基因芯片结合,然后是RNA-seq,直到现在,需要的细胞数也是数百上千。结合scRNA-seq和LCM的LCM-seq,通过直接裂解分离的细胞,消除通常是在LCM之后的RNA隔离步骤,可以简化流程,降低技术噪音,减少费用。同时每个细胞的空间信息都保留了下来并且不需要组织分离步骤,从而能够在单细胞水平同时研究细胞异质性和空...
高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来单细胞测序Q&A。
其次,现有scRNA-seq技术主要针对含有poly-A尾的mRNA,不能检测在哮喘发病中具有重要作用但无poly-A尾的microRNA和lncRNA等,这也是scRNA-seq技术需要完善的重要方面。最新研究显示,单细胞组学研究已由转录组学向多组学延伸,未来的单细胞多组学测序技术将更全面和准确揭示多种类型肺部细胞及其亚型在哮喘发病中的具体作用...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)的十个问答解惑 高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能...
为细胞类型特异的lncRNA的功能预测提供有价值的参考信息.最后对细胞均匀划分方法和lncRNA功能预测模型进行验证.首先将细胞均匀划分方法应用于随机数据集和真实的黑色素瘤scRNA-seq数据集上,结果表明该方法可以有效的将高相似性的样本点筛选合并,通过对合并前后的数据比较证明该方法可以显著提高lncRNA的表达水平和基因间的...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...
b :Violin图显示Ythdf2f / f和Ythdf2c KO小鼠在B16 - OVA肿瘤接种后第14天CD45 +肿瘤浸润免疫细胞的sc RNA - seq数据中富集了早期活化( TEA )、细胞因子/效应物( TC / E )、记忆( TM )和记忆前体( TMP ) CD8 + T细胞的标记。横线表示中位值,方框表示第一和第三四分位数。采用双侧Wilcoxon秩和...