单细胞lncRNA测序(scRNA-lncRNA seq) 普通单细胞转录测序(scRNA-seq)分析主要依赖于编码基因表达进行细胞分型等分析,而研究表明相比蛋白编码基因,lncRNA具有更强的细胞特异性。在传统Bulk-seq检测中,在细胞亚群或单个细胞中的高表达lncRNA往往在组织水平表现为低表达。而单细胞lncRNA测序则可显著提升对细胞亚群特异性...
有些scRNA-seq技术可以同时捕获这两种数据,即包含有polyA的RNA和不包含有polyA的RNA,如SUPeR-seq。这些方法对长链非编码RNA测序 (lncRNA)和环状RNA(circRNA)的检测有较大优势。大量的研究已经证明了lncRNA和circRNA在细胞的各种生物过程中所起的作用。因此,这样的 scRNA-seq方法可以在单细胞水平上全面探索蛋白编码和...
结合scRNA-seq和LCM的LCM-seq,通过直接裂解分离的细胞,消除通常是在LCM之后的RNA隔离步骤,可以简化流程,降低技术噪音,减少费用。同时每个细胞的空间信息都保留了下来并且不需要组织分离步骤,从而能够在单细胞水平同时研究细胞异质性和空间差异。保留空间信息的重要性不应该被低估它可能是组织内细胞识别的关键性因素。此外,...
细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 基本软件安装准备 需要准备cellranger和samtools 软件 cellranger安装和使用参考:生信与基因组学:单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 # 安装samtools, STARconda ...
高通量组学研究已经发展了快20年,从最开始的基因芯片到二代测序,从编码基因到lncRNA,circRNA,从三代测序的出现到单细胞组学研究的火热,相信在这个领域中共事的小伙伴们都深有感触。大家都知道高通量单细胞测序现在很火,但是不是所有的研究都适用,是不是所有的样本都能进行单细胞测序呢?本期小编带来单细胞测序Q&A。
其次,现有scRNA-seq技术主要针对含有poly-A尾的mRNA,不能检测在哮喘发病中具有重要作用但无poly-A尾的microRNA和lncRNA等,这也是scRNA-seq技术需要完善的重要方面。最新研究显示,单细胞组学研究已由转录组学向多组学延伸,未来的单细胞多组学测序技术将更全面和准确揭示多种类型肺部细胞及其亚型在哮喘发病中的具体作用...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq近期被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
大部分公开的流程都是使用oligodT引物,可以捕获到具有多聚结构的mRNA和少部分lncRNA。 SUPeR-seq使用了混合oligodT和六碱基随机引物的方法,然而它没有去除rRNA却只检测到很少的rRNA,猜测是没有把二级结构打开。 MATQ-seq最近被报道比Smart-seq2更灵敏,产量更高。它是基于MALBAC引物设计的,能做到全基因覆盖,检测总...
b :Violin图显示Ythdf2f / f和Ythdf2c KO小鼠在B16 - OVA肿瘤接种后第14天CD45 +肿瘤浸润免疫细胞的sc RNA - seq数据中富集了早期活化( TEA )、细胞因子/效应物( TC / E )、记忆( TM )和记忆前体( TMP ) CD8 + T细胞的标记。横线表示中位值,方框表示第一和第三四分位数。采用双侧Wilcoxon秩和...
易基因MeRIP-seq技术利用m6A特异性抗体富集发生m6A修饰的RNA片段(包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA),结合高通量测序,可以对RNA上的m6A修饰进行定位与定量,总RNA起始量可降低至10μg,最低仅需1μg总RNA。广泛应用于组织发育、干细胞自我更新和分化、热休克或DNA损伤应答、癌症发生与发展、药物应答等研究领域;可应用...