在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞、NK细胞等,snRNA-seq中检测到了更多的实质性细胞,如神经嵴、神经内分泌细胞等,而免疫细胞的检出显著降低甚至没有检测到。 在乳腺癌转移的样本中,scRNA-seq和snRNA-seq检测的结果和上述结果基本一致。scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图里的重合...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
scRNA-seq和snRNA-seq均能很好的反应完整组织的表达模式(相关性系数r≥0.7),且两者特异基因的表达模式基本一致。 接下来,作者比较scRNA-seq和snRNA-seq的数据差异,揭示在泛草中scRNA-seq能检测到更多的转录本和基因数量,而snRNA-seq没有经过组织解离单个细胞的过程,其GO结果有更低的应激反应,同时,在玉米snRNA-seq...
SnRNA-seq相比SCRNA-seq 在样本丰富度上更有优势,不再仅局限于新鲜样本,也适合于些难解离样本,同时开拓了冻存样本的利用。 从细胞分析结果上看,snRNA-seg 可以能够减少酶解过程人为诱导的假细胞类群的产生,且针对在解离时容易死亡的细胞,采用snRNA-seq也更合适。 但是snRNA-seq 不可能完全替代 SCRNA-seq:snRNA-seq...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
scRNA-seq与snRNA-seq在应用场景和优势上有所不同。scRNA-seq在新鲜组织样本中表现优异，能够提供全面的基因表达图谱，适合于细胞类型多样性的研究。而snRNA-seq则在处理冷冻样本时表现出色，为单细胞技术在更广泛样本类型中的应用提供了可能性。在选择适合的技术时，需要考虑样本类型、研究目的和目标细胞...