在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞、NK细胞等,snRNA-seq中检测到了更多的实质性细胞,如神经嵴、神经内分泌细胞等,而免疫细胞的检出显著降低甚至没有检测到。 在乳腺癌转移的样本中,scRNA-seq和snRNA-seq检测的结果和上述结果基本一致。scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图里的重合...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
scRNA-seq和snRNA-seq均能很好的反应完整组织的表达模式(相关性系数r≥0.7),且两者特异基因的表达模式基本一致。 接下来,作者比较scRNA-seq和snRNA-seq的数据差异,揭示在泛草中scRNA-seq能检测到更多的转录本和基因数量,而snRNA-seq没有经过组织解离单个细胞的过程,其GO结果有更低的应激反应,同时,在玉米snRNA-seq...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
scRNA-seq和snRNA-seq分别通过解离和抽核等不同方法来获取不同细胞中的基因表达信息,已经是比较成熟的技术手段,在scRNA-seq作为单细胞的主流检测技术,在免疫细胞、小胶质细胞的检出方面有很大的优势,对于一些比较脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大(如神经元细胞、心肌细胞)、临床样本收样周期较...
除了scRNA-seq,单细胞核RNA测序(snRNA-seq)是原生质体获取具有难度的物种进行单细胞水平检测分析的替代选择。 snRNA-seq的优势 ● 一些成熟度高的部研究对象广,如冻存样本、较难制备原生质体组织(难以酶解、细胞壁厚等)均可适用,样品保存和运输更便捷;位,他们的细胞壁很厚、木质化程度高,难以消化; ...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
snRNA-seq检测到的基因数量少于scRNA-seq，但在基因数量上的差异也反映了两者分析上的区别。在AD研究中，单核转录组分析揭示了血管生成内皮细胞和神经保护胶质细胞的失调，这些发现强调了对AD细胞类型特异性反应和细胞异质性的全面研究，以期为治疗发展提供精确的分子和细胞靶点。通过Seurat包实现下游分析，...
2、标记物(marker):参考数据库和细胞类型特异性基因标记,主要是基于scRNA-seq数据集建立的,因此可能不是snRNA-seq的最佳选择,如下图,细胞核中的细胞类型注释得分明显较低。 3、各个组织在sc和sn测序的结果基因表达上也有较大的差异,进而影响下游的个性化分析(通讯、转录因子等) ...
在单细胞研究的舞台上，scRNA-seq（单细胞RNA测序）与snRNA-seq（单核RNA测序）像是两把利剑，各自瞄准不同的挑战。scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目，但冻存样本的处理对其结果影响显著。相比之下，snRNA-seq通过关注细胞核转录，巧妙地绕过了解离和转录偏差，尤其适合冻存样本，却牺牲...