在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞、NK细胞等,snRNA-seq中检测到了更多的实质性细胞,如神经嵴、神经内分泌细胞等,而免疫细胞的检出显著降低甚至没有检测到。 在乳腺癌转移的样本中,scRNA-seq和snRNA-seq检测的结果和上述结果基本一致。scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图里的重合...
3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生了17 个簇,这三个数据集在UMAP图上产生了良好的分布重叠(图3)。研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中...
在神经母细胞瘤的结果中,scRNA-seq检测到了更多的免疫细胞,如T细胞、B细胞、NK细胞等,snRNA-seq中检测到了更多的实质性细胞,如神经嵴、神经内分泌细胞等,而免疫细胞的检出显著降低甚至没有检测到。 在乳腺癌转移的样本中,scRNA-seq和snRNA-seq检测的结果和上述结果基本一致。scRNA-seq和snRNA-seq在UMAP图里的重合...
3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生了17 个簇,这三个数据集在UMAP图上产生了良好的分布重叠(图3)。研究进一步计算三个数据集中每种细胞占总细胞的比例,发现snRNA-seq数据集中...
scRNA-seq和snRNA-seq分别通过解离和抽核等不同方法来获取不同细胞中的基因表达信息,已经是比较成熟的技术手段,在scRNA-seq作为单细胞的主流检测技术,在免疫细胞、小胶质细胞的检出方面有很大的优势,对于一些比较脆弱的基质细胞(如肝实质细胞、肾足细胞)、细胞直径较大(如神经元细胞、心肌细胞)、临床样本收样周期较...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
结论 :在小鼠(C57BL/6)成年肾脏中,snRNA-seq可实现与scRNA-seq相当的基因检测,并且具有明显的优势,包括减少解离偏倚,与冰冻样品相容,消除解离诱导的转录应激反应,并成功地应用于炎症纤维化肾脏。 介绍 目前单细胞RNA测序(ScRNAseq)对肾脏的研究进展飞速,但仍有三个限制: 首先,目前的方案不能准确地捕获所有类型的肾...
snRNA-seq检测到的基因数量少于scRNA-seq，但在基因数量上的差异也反映了两者分析上的区别。在AD研究中，单核转录组分析揭示了血管生成内皮细胞和神经保护胶质细胞的失调，这些发现强调了对AD细胞类型特异性反应和细胞异质性的全面研究，以期为治疗发展提供精确的分子和细胞靶点。通过Seurat包实现下游分析，...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
文章摘要:单核 RNA 测序 (snRNA ‑seq) 是 一种用于分析细胞中基因表达的方法 分离是复杂的,例如在肝细胞癌中 (HCC) 组织。它构成了单细胞 RNA 的替代品测序(scRNA-seq)通过分析细胞核而不是整个细胞;但是,是否可以完全替代 HCC 中的 scRNA-seq 仍有待阐明。