1.按照10x常规scRNAseq的流程做定量 因为用到的是寻因生物的全长scRNAseq,所以分析软件是他们公司开发的seeksoul,而不是Cellranger。 但本质上都是内含STAR去做比对。 seeksoultools fast run \ --fq1 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R1.fq.gz \ --fq2 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R2.fq.gz...
# Load librarieslibrary(SingleCellExperiment)library(Seurat)library(tidyverse)library(Matrix)library(scales)library(cowplot)library(RCurl) 导入scRNA-seq数据 无论使用哪种技术或流程来处理您的单细胞RNA-seq序列数据,输出通常都是相同的。也就是说,对于每个单独的样本,您将拥有以下三个文件: 包含细胞ID的文件,...
一、单细胞RNA-seq扩增技术的发展 利用单细胞进行 RNA-seq 是 Surani 实验室在 2009 年开发出来的,扩增的方法主要是使用将RNA pull down下来,然后使用polyT 引物反转录带 ployA 的 RNA,同时引物上含有特定的 anchor 序列。 研究人员借鉴了基于 microarray 用于 single cell sequence 的技术后,修改了一些实验条件(...
一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。该方法旨在揭示整个样本中所有基因的表达水平,而不是单个细胞。 (2)单细胞转录组测序(scRNA-Seq) 单...
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
与scRNA-seq相比,snRNA-seq技术具有以下几个优势:可以减少细胞捕获过程中因细胞大小不同等因素造成的不同细胞类型比例出现偏差的问题;减少酶解过程对细胞转录的影响;可以使用冷冻样本。其局限性主要在于细胞质遗传信息的丢失。 参考文献 An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for pla...
单细胞转录测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上分析细胞特异性转录组的高通量测序方法。scRNA-seq 的工作流程包括单细胞捕获、mRNA 逆转录、cDNA 文库制备、高通量测序和数据分析。每种细胞类型都具有独特的转录组,可以呈现为特定的数据矩阵。scRNA-Seq逐渐成为研究细胞间转录组差异性,揭示细胞类型、亚型、状态和发展轨迹...
单细胞测序技术一直是讨论热度极高的话题,除了单细胞转录组测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq)也逐渐引起科研人员的注意,使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基...
scRNA-seq数据中存在dropout效应,指的是由于细胞状态的多样性,存在着某些基因可能低估或完全缺失表达值的现象。因此通过恢复细胞中基因的表达可以缓解dropout效应,使研究人员对细胞状态和功能有更全面和深入的了解。为了评估scAMAC在重构scRNA-seq数据中的有效性,作者在两个细胞注释数据集Klein and Zeisel进行了实验。作者...