4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。
1.按照10x常规scRNAseq的流程做定量 因为用到的是寻因生物的全长scRNAseq,所以分析软件是他们公司开发的seeksoul,而不是Cellranger。 但本质上都是内含STAR去做比对。 seeksoultools fast run \ --fq1 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R1.fq.gz \ --fq2 /data/seeksoul/demo/refdata/PBMC_R2.fq.gz...
4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq)(1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。
单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析指南 一、引言 单细胞RNA测序(Single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)是一种高通量技术,能够捕获和分析单个细胞的基因表达谱。这项技术为理解复杂组织中的细胞异质性提供了前所未有的视角,广泛应用于发育生物学、肿瘤学、免疫学等领域。本指南旨在概述scRNA-seq数据分析的基本流程,包括...
跟着小鱼头学单细胞测序-scRNA-seq分析中的常用图 导语 GUIDE ╲ 随着高通量单细胞RNA-seq测序技术的发展,scRNA-seq数据集的大小已经从单个细胞增长到数百万个细胞,如何将这些高维度的数据可视化也是生物信息一个重要的应用领域。这一期给大家介绍一些scRNA-seq文章中常见的图,希望给大家带来一些新的作图思路....
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞测序技术一直是讨论热度极高的话题,除了单细胞转录组测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq)也逐渐引起科研人员的注意,使得scATAC-seq在单细胞层面研究染色质开放性成为可能,而正好scRNA-seq是在单细胞层面研究基因表达量的技术,又因为基因在发生转录之前,表观遗传调控会在染色体水平上调整结构,从而会影响基...
ScRNA-seq数据的质量控制主要包括两个方面:数据的质量评估和数据清洗。质量评估一般包括读长、测序深度、测序质量、降噪等指标。数据清洗则包括去除低质量的序列、去除批次效应、标准化等步骤。在数据清洗之后,需要进行数据的标准化,以便后续的簇分析和差异表达分析。常见的标准化方法包括TPM(Transcripts Per Million)和...
2. scRNAseq数据集分析 为了从单细胞水平揭示CD45+ 免疫细胞的动态变化,作者使用t-SNE进行亚群分析和可视化。3817个免疫细胞共聚为17个簇(图1A),主要分为5个细胞亚群,包括B细胞,树突状细胞,单核细胞,自然杀伤细胞和T细胞(图1B)。肿瘤组织细胞和非肿瘤组织细胞的聚类如图1C所示。富集分析表明这些细胞参与免疫炎症...
全序列scRNAseq的突变分析大致分为四步。本文（一）将详细阐述前两步内容。首先，按照10x常规scRNAseq的流程进行定量分析。使用寻因生物的全长scRNAseq产品时，分析软件为seeksoul，而非Cellranger，其底层仍基于STAR进行比对。完成分析后，系统将自动生成以样本名称命名的文件夹，内含3个文件及4个子文件夹...