4.聚类分析是单细胞RNA-Seq中不可或缺的一部分,它有助于确定细胞和了解细胞之间的相互关系和功能。 一、普通转录组测序(Bulk RNA-Seq)与单细胞测序(scRNA-Seq) (1)普通转录组测序(Bulk RNA-Seq) 普通转录组测序(Bulk RNA-seq)是提取组织、器官、群细胞的Total RNA进行测序,用于分析组织或细胞总体的RNA组成。
什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
scRNA-seq 是一种研究单细胞的基因表达模式的方法,能够揭示细胞的异质性、功能和调控机制,在生物医药、细胞生物学等领域具有广泛应用。在AI for Science(AI4S)时代,我们可以利用机器学习技术来分析单细胞转录组数据,揭示细胞状态、功能和动态变化。 本次介绍的单细胞转录组分析的流程并不复杂,主要包括以下三个部分: ...
首先,通过scRNA-seq(图2A)和scATAC-seq(图2B)分别鉴定了不同的细胞亚群:记忆B细胞(MBC),浆细胞(PC)和前体浆细胞/浆细胞母细胞(prePB/PB)。接着对scRNA-seq和scATAC-seq数据进行了整合分析,结果显示两组学数据集在MBC和PC阶段具有的良好的重叠(图2CD)。而来自ATAC-seq数据集的近一半的prePB未被预测为prePB,...
Seurat分析流程入门 1. 数据与R包准备 以下代码在RStudio中实现, Seurat 4.0。 1.1 PMBC数据下载 下载2700个10X单细胞-外周血单核细胞(PBMC)数据集。 # Seurat_1.R ### 1. 数据获取及读取 ### # 切换至工作目录 setwd("F:/scRNA-seq/Seurat4.0") # 下载PMBC数据 download.file("https://cf.10xgenomi...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是一种在单细胞水平对转录组进行测序分析的高通量测序技术,能够揭示细胞层面的基因表达差异,为研究细胞的异质性提供了有力手段。而TCR/BCR测序是一种用于分析T细胞受体(T cell receptor, TCR)和B细胞受体(B cell receptor, BCR)的高通量测序技术,可以揭示T细胞和B细胞受体的多样性和特...
scRNA-seq和snRNA-seq是两种常用的单细胞测序技术,它们在实验设计、样本处理和数据分析等方面存在一些区别。 一、定义和原理: 1.scRNA-seq(Single-cell RNA sequencing)是一种用于测定单个细胞中RNA分子的技术。它通过将单个细胞的RNA转录本进行扩增和测序,从而获得单个细胞的转录组信息。
我们知道RNA-seq即转录组测序,是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,而单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq,简称scRNA-seq)则是以单个细胞为特定研究对象,提取其mRNA进行逆转录并进行高通量测序分析,可体现出个体细胞内表达水平的具体变化,目前已广泛应用在生物学、医药研发、临床医学等各个领域。
scRNA-seq技术在捕捉细胞间的细微差异上展现出了巨大的潜力，而bulk RNA-seq则为我们提供了宏观的生物学景观。理解这两者之间的区别，是进入单细胞分析领域的第一步。在单细胞捕获和准备过程中，传统的人工操作与现代自动化技术并存。从使用手动移液器到自动化移液系统如流式细胞仪，技术的进步不仅提升了...
前置知识:原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 使用Seurat包来运行,主要实现两个功能: 通过marker基因计算细胞周期评分 基于评分在预处理过程中,减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响 二、预处理 数据来自:http://www.bloodjournal.org/content/early/2016/06/30/blood-2016-05-716480?