1写在前面 完成了聚类后,我们就要进行差异分析,寻找差异基因了。🥳 由于scRNAseq是高维数据,而且并没有明确的组,你可以选择之前介绍的SC3包等,先进行聚类,然后确定了组后,进行比较,或者采用生物学分组进行比较。😘 本期我们介绍一下常用的一些差异分析方法,再比较各种方法的准确性。🤒 2用到的包 代码语言:ja...
我们在前两期的推文:muscat:专注于多样本多分组的单细胞差异分析;muscat代码实操(一):模拟复杂的 scRNA-seq 数据以及评估不同的差异表达分析方法的性能中,分别介绍了muscat的功能框架以及如何使用muscat模拟复杂的scRNA-seq数据和评估不同的差异表达分析方法的性能。在本期的推文中,我们将深入探讨muscat包的核心功能——...
如何选择snRNA-seq和scRNA-seq | 单细胞专题 任何生物学过程都需要通过复杂的细胞及分子通过复杂的网络相互作用推进和完成,不同的细胞拥有其特定的生物学功能,不同类型的细胞间彼此相互作用、协调发挥,从而维持正常的生理功能,因此… 联川生物 Nat Genet | scRNA-seq与多基因疾病风险联合揭示单细胞疾病相关性 X-Omics...
正是由于这些特性才推动了scRNA-seq数据分析鉴别差异基因表达方法的发展,以下举几个专门针对scRNA-seq数据提出的新方法新模型的例子: 1、使用两部分联合模型来检测差异表达基因,以适应多模态表达值和“drop-out events”;一部分模型对应于正常观察到的基因,另一部分模型对应于“drop-out events”。 (参考文献:Bayesian...
这个代码写的十分的简洁,可以让我们发现scRNA-seq中差异基因中更具有差异的那些基因(在排除算法的干扰下),更多内容可以参考这个地址::https://github.com/XZouProjects/scCODE scSTAR:首次提出单个细胞动态建模,深挖更多差异 目前来说基本上全部的单细胞数据挖掘方法基本上都是只能挖掘信号大于噪声的那部分数据,没有任...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2394、弹幕量 0、点赞数 96、投硬币枚数 51、收藏人数 362、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
1. 生化特征及肝RNA-seq数据的再分析确定了IUGR雄性个体的肝损伤 首先对于新生儿生化特征的分析显示,相比于雄性个体,雌性个体中总蛋白(TP)和白蛋白(ALB)水平升高,而肝损害指标谷丙转氨酶(ALT)和谷草转氨酶 (AST)比值降低;将出生时体重小于2500g认为是LBW组,结果发现相比于对照组,两种性别中TP和ALB均降低,但仅在...
总的来说,作者在这部分使用iCOBRA包来评估和可视化不同的差异表达分析方法的性能。它首先模拟数据,然后运行不同的方法,计算性能度量,并绘制FDR-TPR曲线。 小结 在本期推文中,我们首先介绍了如何使用muscat模拟复杂的scRNA-seq数据。模拟数据是评估分析方法性能的关键,因为它可以为我们提供一个已知的“真实”答案,从而...
scRNA-seq - 综合分析:保守标记和差异表达基因 #rna-seq原理 #rna-seq视频讲解 #rna-seq数据分析课程#rna-seq分析 #flowhub #生信分析 #生信实验室 #生信云 #rna-seq结果解读在两个样本分析流程的第三个也是最后一个视频中,我们将看到如何获取样本之间的保守簇标记和差异表达基因,以及如何可视化基因/基因列表。
我们知道RNA-seq即转录组测序,是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合,而单细胞RNA测序(single-cell RNA-seq,简称scRNA-seq)则是以单个细胞为特定研究对象,提取其mRNA进行逆转录并进行高通量测序分析,可体现出个体细胞内表达水平的具体变化,目前已广泛应用在生物学、医药研发、临床医学等各个领域。