scMappR用于提供差异表达基因(DEG)相对于细胞类型的特异性信息,它通过下示公式将bulk差异基因的倍数变化(△)与scRNA-seq参考数据库的细胞表达的特异性倍数变化(ξ)、细胞类型比例(π)和两种情况的细胞类型的比例的比值进行计算得到细胞权重倍数变化(cw△),...
1、使用两部分联合模型来检测差异表达基因,以适应多模态表达值和“drop-out events”;一部分模型对应于正常观察到的基因,另一部分模型对应于“drop-out events”。 (参考文献:Bayesian approach to single-cell differential expression analysis.) 2、MAST:使用hurdle model来表示零计数和阳性表达值,然后使用逻辑回归和...
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...
通过执行特征选择来减少基因数量可以在很大程度上加速scRNA-seq数据的计算。差异表达基因的筛选在 bulk RNA-seq实验中是一种广泛应用的特征选择方法,但由于调用scRNA-seq数据需要预定的或同构的子总体信息,因此很难应用于scRNA-seq数据中。针对scRNA-seq数据设计的无监督特征选择算法可分为以下几组: (1)基于高度可变...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2394、弹幕量 0、点赞数 96、投硬币枚数 51、收藏人数 362、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
1、使用两部分联合模型来检测差异表达基因,以适应多模态表达值和“drop-out events”;一部分模型对应于正常观察到的基因,另一部分模型对应于“drop-out events”。 (参考文献:Bayesian approach to single-cell differential expression analysis.) 2、MAST:使用hurdle model来表示零计数和阳性表达值,然后使用逻辑回归和...
特征选择可以删除无效基因,并识别最相关的特征(基因),以减少下游分析中使用的维度数量。通过执行特征选择来减少基因数量可以在很大程度上加速scRNA-seq数据的计算。差异表达基因的筛选在 bulk RNA-seq实验中是一种广泛应用的特征选择方法,但由于调用scRNA-seq数据需要预定的或同构的子总体信息,因此很难应用于scRNA-seq数...
植物不同细胞类型对生物与非生物胁迫(病原体侵袭、干旱、盐碱、极端温度等)的响应异质性和机制,是植物抗逆领域的长期问题。单细胞转录组测序能够揭示细胞层面的基因表达差异,这使其成为植物抗逆研究的有力工具。 基迪奥生物拥有丰富的单细胞悬液制备经验,能根据不同的抗逆实验设计提供成熟的建库测序服务及个性化分析方...
接下来,我们介绍一下如何查看差异测试结果,以及计算和使用基因的表达频率进行进一步的结果过滤。 4.1 结果过滤 tbl_fil<-lapply(tbl,function(u){u<-dplyr::filter(u,p_adj.loc<0.05,abs(logFC)>1)dplyr::arrange(u,p_adj.loc)}) 首先过滤出FDR小于5%和logFC大于1的结果,并按调整后的p值排序。
在RNA-seq(或蛋白质组,或代谢组)数据分析中,火山图是常见的一种数据可视化工具,它通过将统计显著性量度(如p值)和变化幅度(例如log2FC)相结合,帮助研究者快速直观地识别出在不同样本间具有显著差异表达的基因(或蛋白,或代谢物)。 火山图本质上是一种散点图,每个点代表一个基因(或蛋白,或代谢物),其位置由两...