scRNA-seq可以在肿瘤发展过程中识别复杂的相互作用,揭示了基质细胞从早期疾病中获得调节免疫景观的能力。 研究结果 1. 发育中的TME中免疫种群和间质种群的鉴定 scRNA-seq测到了>4600个细胞,通过聚类和marker基因鉴定出许多免疫和基质细胞。T细胞, DC细胞和内皮细胞的cluster可以根据其在肿瘤或LN中的位置分离,而其他类...
1. scRNA-seq分析PBMC群体的异质性 MRI扫描显示,与正常个体相比,晚期AD患者的脑萎缩和心室扩张。对AD患者的PBMC进行scRNA-seq,发现来自AD晚期患者的样本LA2中鉴定出的基因比其他样本更多。通过Pearson相关系数使用高度可变基因的平均表达可视化数据集中的组间变异性,成对相关值范围为0.8101至0.9496。 图1. scRNA-seq分...
【1】Bulk RNA-seq和scRNA-seq数据收集与预处理 文献解读 TCGA、GEO公共数据下载 差异表达基因分析 富集分析 【翰佰尔生物】, 视频播放量 2325、弹幕量 0、点赞数 93、投硬币枚数 47、收藏人数 356、转发人数 30, 视频作者 翰佰尔生物, 作者简介 官网:henbio.com/tools |
scRNA-seq降维聚类发现,缺失Zeb2只导致转化态SMC的转录组和表型变化(Fig 4A-4C)。对谱系追踪的SMC细胞亚群细分,缺失Zeb2显著降低转化态SMC细胞数目(Fig 4D-4I),总SMC细胞数不变的情况下,CMC细胞百分比增加,FMC细胞百分比降低(Fig 4H-4I),敲除Zeb2促进SMC向CMC转化,类成纤维细胞的重塑态SMC基因MMP3和Cxcl12表达降...
ScRNA-seq 研究路线 研究结果 1. 尿液主要是由肾细胞和免疫细胞组成 对32例患者40份新鲜尿液样本的沉积物进行了scRNA-seq,共获得42,608个单细胞,每个样本中位数为472个细胞,每个细胞检测到1436个基因和3991个独特转录本。AKI尿液沉积物的主要为3种细胞类型。
通过scRNA-seq 技术获得 4727 个高质量细胞的转录组数据,并使用 seurat R 包对其进行 PCA 降维分析,利用 t-SNE 算法展示聚类结果。为降低原生质体制备过程对转录组数据造成的影响,作者对原生质体(两个生物学重复)和非原生质体(两个生物学重复)分别进行了常规 bulk RNA-seq ,并使用 DESeq2 进行差异分析。在进行...
测序策略:单细胞转录组(scRNA-seq) 研究背景 多细胞生物通过精确控制的转录网络明确细胞特性,关联位置信息,协调器官的发育和成熟。明确这些网络如何协调器官的发育和功能,需要详细地理解该组织器官的时空基因表达模式。拟南芥的根是一个易于操作的模式器官,具有大多数细胞类型的标记,以及形态学定义的发育阶段。有利于进行...
scRNA-seq;空间转录组 研究结果 1. scRNA-seq研究子宫腺肌症细胞景观 为了研究子宫腺肌症细胞谱系的异质性,我们使用scRNA-seq分析了来自4名供体(3名子宫腺肌病患者和1名子宫肌瘤患者)的15份组织样本。根据术前磁共振成像和苏木精-伊红染色,从子宫各区域采集样本,包括子宫内膜(EnD)、子宫内膜-子宫内膜交界处(EnJ)...
主要技术:scRNA-seq;scATAC-seq;癌细胞异质性 背景 人类癌细胞系长期以来一直是癌症进展研究和药物发现的工具,但由于癌细胞系的建立涉及到对适应体外培养条件的肿瘤细胞的选择,因此通常认为癌细胞系是同质的,无法保持原肿瘤的异质性。然而,已经证实细胞系可以进化并发展成不同的细胞系。最近研究表明,通过使用单细胞RNA...