snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数...
1.scRNA-seq数据分析主要包括数据预处理、细胞聚类、基因表达差异分析等步骤。由于单个细胞的RNA测序数据存在噪音和稀疏性,因此需要进行特殊的数据处理和统计分析方法。 2.snRNA-seq数据分析与scRNA-seq类似,但由于细胞核中的RNA相对稳定且不易受到细胞状态的影响,因此在数据预处理和细胞聚类等步骤上可能会有一些差异。
除了scRNA-seq,单细胞核RNA测序(snRNA-seq)是原生质体获取具有难度的物种进行单细胞水平检测分析的替代选择。 snRNA-seq的优势 一些成熟度高的部研究对象广,如冻存样本、较难制备原生质体组织(难以酶解、细胞壁厚等)均可适用,样品保存和运输更便捷;位,他们的细胞壁很厚、木质化程度高,难以消化; ...
肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据进行联系分析来寻找HCC中的细胞类型...
参考:单细胞核转录组测序 - 简书 (jianshu.com) 虽然snRNA-seq能够获得更加全面完整的细胞类型,但是对于某些细胞类型的获得比例不如scRNA-seq,主要表现为免疫细胞。 从两分组细胞分布对比来看snRNA-seq测试数据中 T,B,NK的细胞数量都减少了;而Fibo, Hepatcyte,Endo细胞数量增多。
snRNA-seq检测到的基因,有92.3% 可以通过Bulk RNA-seq 检测到(FPKM > 1 ),表明snRNA-seq 具有较高的敏感性,snRNA-seq和Bulk RNA-seq 的相关性达到0.9 ,表明具有很高的重现性。后面的分析就和常规scRNA-seq的分析类似了。 德国的团队同样的,在分析单细胞数据前,进行了独立的bulk RNA-seq实验来识别原生质体...
在单细胞研究的舞台上，scRNA-seq（单细胞RNA测序）与snRNA-seq（单核RNA测序）像是两把利剑，各自瞄准不同的挑战。scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目，但冻存样本的处理对其结果影响显著。相比之下，snRNA-seq通过关注细胞核转录，巧妙地绕过了解离和转录偏差，尤其适合冻存样本，却牺牲...
snRNA-seq检测到的基因数量少于scRNA-seq，但在基因数量上的差异也反映了两者分析上的区别。在AD研究中，单核转录组分析揭示了血管生成内皮细胞和神经保护胶质细胞的失调，这些发现强调了对AD细胞类型特异性反应和细胞异质性的全面研究，以期为治疗发展提供精确的分子和细胞靶点。通过Seurat包实现下游分析，...