snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
1.scRNA-seq数据分析主要包括数据预处理、细胞聚类、基因表达差异分析等步骤。由于单个细胞的RNA测序数据存在噪音和稀疏性,因此需要进行特殊的数据处理和统计分析方法。 2.snRNA-seq数据分析与scRNA-seq类似,但由于细胞核中的RNA相对稳定且不易受到细胞状态的影响,因此在数据预处理和细胞聚类等步骤上可能会有一些差异。
snRNA-seq 数据集中有两个表皮细胞簇,但在scRNA-seq 数据集中只有一个表皮细胞簇。 图2 基于snRNA-seq数据的拟南芥叶片细胞类型的功能注释 3、snRNA-seq和scRNA-seq转录组的比较 为了进一步评估两种方法之间的差异,将本研究的snRNA-seq和 scRNA-seq 数据以及最近一项研究的 scRNA-seq 转录组数据进行了整合,总共产生...
写在开头其实在 阅读单细胞文献,并且整理文献阅读笔记的时候,每次都会都文章用到的数据进行了解和整理,也多次看到过ScRNA-seq(单细胞转录组测序)与SnRNA-seq(单细胞核测序),但是我基本上都是只确认是singl…
单细胞测序｜scRNA-seq & snRNA-seq怎么？随着对科学研究的不断深⼊，近期，有越来越多的科研工作者开始关注单细胞核测序（snRNA-seq）。但由于单细胞RNA测序与单细胞核RNA测序普及的时间较短，大部分科研工作者易陷入选择的泥沼。小编寄希望通过本文，以简化的表格形式一分钟教会大家应该如何选择适合的科研服务：某...
应用：它对于研究固定或坏死细胞特别有用，因为这些细胞的细胞质RNA可能已经降解。特点：snRNA-seq 可以从...
技术:scRNA-seq、snRNA-seq 导读 肝细胞癌(HCC)是一种常见的原发性肝癌,总生存率低。将非酒精性脂肪肝相关HCC患者的肝癌肿瘤和癌旁组织中生成的肝脏snRNA-seq数据、包括病毒和非病毒来源的癌组织、癌旁组织和正常肝脏样本的肝脏scRNA-seq数据和TCGA数据库和肝癌研究所(LCI)的癌组织和癌旁组织的bulk RNA-seq数据...
在目前的研究中, 在肿瘤组织中将 scRNA ‑seq 与 snRNA ‑seq 进行比较 使用 10X Genomics 从 HCC 患者中获得。Seurat 也被用来处理数据 并比较两个测序之间的差异识别不同细胞类型的方法。在目前的研究中, 14,349 个单核和 9,504 个单细胞的转录组 从上述HCC组织中获得。一共 21 个离散细胞簇,包括肝...
snRNA-seq检测到的基因,有92.3% 可以通过Bulk RNA-seq 检测到(FPKM > 1 ),表明snRNA-seq 具有较高的敏感性,snRNA-seq和Bulk RNA-seq 的相关性达到0.9 ,表明具有很高的重现性。后面的分析就和常规scRNA-seq的分析类似了。 德国的团队同样的,在分析单细胞数据前,进行了独立的bulk RNA-seq实验来识别原生质体...
- 基因数量与特性：scRNA-seq包含线粒体和核糖体基因，而snRNA-seq由于关注核心转录，这些基因相对较少。- 整合与分析：尽管Seurat分析流程相似，但两者的质量控制（QC）标准不同，snRNA-seq可能需要更为宽容的参数设置，以保留更多数据。在AD（阿尔茨海默病）研究中，单核转录组分析揭示了异常的细胞类型...