Seurat 对象中assays用于存储表达矩阵, counts存储原始数据(稀疏矩阵),data存储Normalize()之后的数据,scale.data存储ScaleData()缩放后的数据,SCT存储标准化之后的数据, meta.data存储细胞注释信息(或称为临床信息), active.assay存储默认的矩阵名, active.ident存储默认的细胞注释信息(或称为临床信息)。 library(Seura...
table(sce@meta.data$seurat_clusters) table(sce@meta.data$orig.ident) #table(sce@meta.data$patient) #table(sce@meta.data$ID) # 文件制作1:表达量矩阵 # 除了用GetAssayData函数其实也可以直接sce@assays$RNA@count即可 dat <- GetAssayData(sce, layer = 'counts',assay = 'RNA') dat[1:4,1:...
来自北卡罗来纳大学夏洛特分校的研究人员,由Weijun Luo博士和Brouwer博士领导,开发出一种人工智能算法来“清理”嘈杂的单细胞RNA测序(scRNA-Seq)数据。这项研究“A universal deep neural network for in-depth cleaning of single-cell RNA-Seq data”于2022年4月7日发表在《Nature Communications》上。 https://w...
可获得的数据集可以分为两类,第一类包含表达矩阵,由scRNAseq作者从每个实验得到的原始 测序数据产生的,这些包括: ReprocessedFluidigmData()包含65个细胞来自Pollen et al. (2014). ReprocessedTh2Data()提供96个T helper cells from Mahata et al. (2014). ReprocessedAllenData()提供379个来自小鼠视觉皮层的细胞...
Raw data 该数据集在GEO(GSE96583),但是可用的计数矩阵缺少线粒体读数,因此我们从SRA(SRP102802)下载了BAM文件。这些BAM文件被转换回FASTQ文件,然后通过Cell Ranger运行以获得我们将要使用的计数矩阵。 注意:此数据集的计数也可以从10X Genomics免费获得,并用作Seurat教程的的示例数据。
解释变量(ExplanatoryVariables):https://www.statisticshowto.datasciencecentral.com/explanatory-variable/ 解释变量是一种自变量。这两个术语通常可互换使用。但是,是两者之间的细微差别。当一个变量是独立的,它不影响在所有的任何其他变量。当变量不是独立的时候,它是一个解释变量。 它在临床...
plot_scdata(scRNA_int, split_by = "sample", pal_setup = pal) UMAP 绘图,按样本分割 与plot_qc()函数类似,pal_setup参数可以是RColorBrewer调色板名称、调色板设置数据框或手动指定的颜色向量。 plot_scdata(scRNA_int, pal_setup = "Dark2") ...
1# Explore the metadata2head(ctrl@meta.data) 元数据列是什么? orig.ident:这通常包含样本标识(如果已知),但默认为“SeuratProject” nCount_RNA:每个细胞的UMI号 nFeature_RNA:每个细胞检测到的基因数量 读取多个样本`for loop` 在实践中,一般可能需要读取几个样本,同样使用我们前面讨论的两个函数(read10X()...
nExp_poi表示期望的总双细胞数量,它等于估计的双细胞比例DoubletRate乘以单细胞对象scRNA中的总细胞数量nrow(scRNA@meta.data),并四舍五入取整。nExp_poi.adj表示期望的异源双细胞数量。nExp_poi<-round(DoubletRate*nrow(scRNA@meta.data))# 使用同源双细胞比例对推算出期望的异源双细胞数量nExp_poi.adj <-...
Full length scRNA-seq的raw data的处理通常分两步进行:比对(read alignment)和计数(read counting)。 常用软件:STAR和hisat2。 normalization方法:推荐使用TPM。 4Droplet-based scRNA-seq的比对和定量 1️⃣ 首先我们要搞清楚scRNA-seq都有哪些产物。👇 ...