3.2 创建SingleCellExperiment对象 这个dataset不仅使用了unique molecular identifiers(UMIs),还使用了ERCC spike-ins。但是!现在大部分droplet为基础的protocol已经不使用ERCC了,只在一些低通量的方法中作为control使用。 代码语言:javascript 复制 # 注意assays必须是matrix umi<-SingleCellExperiment(assays=list(counts=as....
Dataset是类似于数组的数据集,而group是类似文件夹一样的容器,存放dataset和其他group。为了有直观地印象,可以把H5文件想想成一个文件系统,一个h5的最顶层是‘/’,然后是不同的组‘group’,每个组下面是数据‘dataset’,格式类似如下: +-- / | +-- group1 | | +-- dataset1 | | | +-- attribute1 | ...
3.2 创建SingleCellExperiment对象 这个dataset不仅使用了unique molecular identifiers(UMIs),还使用了ERCC spike-ins。但是!现在大部分droplet为基础的protocol已经不使用ERCC了,只在一些低通量的方法中作为control使用。 # 注意assays必须是matrix umi <- SingleCellExperiment( assays = list(counts = as.matrix(counts)...
library(Seurat) library(SeuratData) library(patchwork) # install dataset InstallData("ifnb") 该对象包含来自两种条件的人类 PBMC 的数据:干扰素刺激细胞和对照细胞。我们的目标是将这两种条件整合在一起,以便我们可以共同识别数据集中的细胞亚群,然后探索每个组在不同条件下的差异。 在Seurat 的早期版本中,我们...
我们的dataset里有多个replicate,我们用Combat函数来去除一下batch effets吧。 代码语言:text 复制 assay(umi.qc, "combat") <- ComBat(logcounts(umi.qc),batch = umi.qc$replicate😉) 4.2 去除批次效应-detected 我们再换个因素试试!~ 代码语言:text ...
was foundto be consistent with the result of in situ RT-PCR (Song et al, 2021). Tofurther verify the annotation result, we compared our results to an Arabidopsisleaf scRNA-seq dataset (Zhang et al, 2021). Pairwise comparisons of cell typesand integration analysis of scRNA-seq data between...
Klein scRNA-seq dataset. Klein et al.characterized the transcriptome of 2,717 cells (Mouse Embryonic Stem Cells, mESCs), across four culture conditions (control and with 2, 4 or 7 days after leukemia inhibitoryfactor, LIF, withdrawal) using InDrop sequencing. Gene expression was quantified with...
首先我们来给Scillus包一个精炼的定义:Seurat wrapper for enhanced processing and visualization of scRNA-seq data 其含义就是针对Seurat对象的可视化增强器(装备感满满~,感觉好像可以一刀9999) 当然了,前提是我们已经掌握了使用Seurat进行单细胞分析的标准流程,然后我们就可以使用Scillus包对我们的结果进行更为丰富的...
这个数据集很出名,截止2019年1月已经有近400的引用了,后面的人开发R包算法都会在其上面做测试,比如 SinQC 这篇文章就提到:We applied SinQC to a highly heterogeneous scRNA-seq dataset containing 301 cells (mixture of 11 different cell types) (Pollen et al., 2014).这里面的表达矩阵是由 RSEM (Li ...
scRNA-seq, Data integration, Data harmonization, Alignment, Deep learning, Neural networks, Response to stimulus, Batch effects, Domain adaptationscRNA-seq dataset integration occurs in different contexts, such as the identification of cell type-specific differences in gene expression across conditions or...