annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar refGene humandb/ perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar gnomad312_genome humandb/ perl annotate_var...
目前 CDCP 已经汇集 19 个重大单细胞合作项目结果,共计 6,452 个样本。(网址:https://db.cngb.org/cdcp/) 图6| 单细胞共享数据库平台 CDCP 图7| 数据库CNGB database 5、 华大单细胞实验技术流程 scRNA-seq 1)单细胞悬液制备:将样品制备成单细胞悬液、调整合适...
其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的超过400万个细胞。在线界面允许用户查询和探索细胞类型、遗传途径和调控网络。 为什么要构建PanglaoDB? 解决单细胞数据难以访问的问题 scRNA-seq的...
gene_names<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=rownames(umi),# the keys to select recordsforfrom the database.keytype="ENSEMBL",columns="SYMBOL",# the columns or kindsofthings that can be retrieved from the database.column="SYMBOL"# the column to searchon(formapIds).) 4.2 看看多少转换成功了...
The scRNASeqDB is a useful resource for single cell transcriptional studies. This database is publicly available athttps://bioinfo.uth.edu/scrnaseqdb/. 展开 关键词: single cell RNA sequencing database expression profile cell type differential expression ...
Step3:Database 在“数据库”部分,开发团队手动整理了43个空间转录组数据集(136个子数据集),这些数据集将随着公开可用空间转录组数据集的增加而不断增加。用户可以在指定物种和组织后查看任何感兴趣基因的空间表达。 Step4:Data Integration 在“数据集成”页面中,用户需上传他们处理过的scRNA-seq数据集和从“质量控制...
Step3:Database 在“数据库”部分,开发团队手动整理了43个空间转录组数据集(136个子数据集),这些数据集将随着公开可用空间转录组数据集的增加而不断增加。用户可以在指定物种和组织后查看任何感兴趣基因的空间表达。 Step4:Data Integration 在“数据集成”页面中,用户需上传他们处理过的scRNA-seq数据集和从“质量控制...
来自瑞典和美国的研究人员开发了PanglaoDB数据库,一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站,为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的...
unique(CellChatDB$interaction$annotation)#查看可以选择的侧面,也就是上图左中的三种#这里选择"Secreted Signaling"进行后续细胞互作分析CellChatDB.use<-subsetDB(CellChatDB,search="Secreted Signaling")#也可默认使用所有的cellchat@DB<-CellChatDB.use# set the used database in the object ...
mat <- scdb_mat("pbmc") #从database获取矩阵对象 #或者从 sparse Matrix of class "dgCMatrix"(行为基因,列为细胞) 导入数据,该方式需要自己添加cell_metadata,matrix格式如下: AAACCCAAGGAGAGTA AAACGCTTCAGCCCAG AAAGAACAGACGACTG 7SK . . . ...