做scRNAseq分析,用到的是varscan软件和annova数据库。 annova数据库下载地址:ANNOVAR website 下载之后,输入以下代码,下载人类基因突变数据库: annovar的database:需要将Annovar软件下载后,使用 annotate_variation.pl 下载数据库,下载示例如下: perl annotate_variation.pl -buildver hg38 --downdb --webfrom annovar...
来自瑞典和美国的研究人员开发了 PanglaoDB数据库,一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站,为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官...
我们现在把scRNA-seq后注释的ENSEMBL转为SYMBOL。 代码语言:javascript 复制 gene_names<-mapIds(org.Hs.eg.db,keys=rownames(umi),# the keys to select recordsforfrom the database.keytype="ENSEMBL",columns="SYMBOL",# the columns or kindsofthings that can be retrieved from the database.column="S...
(1)随着测序技术的发展,scRNA-seq已经被广泛用来研究植物基因表达组织异质性。scRNA-seq数据量快速增长,需要建立数据库和工具来容纳和分析这些数据。 (2)许多scRNA-seq数据库都是利用人类和模式动物的数据开发的。目前还没有针对多个植物物种的scRNA-seq数据库,特别是没有一个包含综合分析结果的数据库,如特定细胞类型...
图7| 数据库CNGB database 5、 华大单细胞实验技术流程 scRNA-seq 1)单细胞悬液制备:将样品制备成单细胞悬液、调整合适的单细胞悬液浓度 2)单细胞分离:通过液滴微流控口吸管进行液滴生成,捕获mRNA。 3)逆转录:将生成的液滴经过破乳后,构建逆转录反应体系完成 RNA ...
Single-cell RNA sequencing (scRNA-Seq) is rapidly becoming a powerful tool for high-throughput transcriptomic analysis of cell states and dynamics at the single cell level. Both the number and quality of scRNA-Seq datasets have dramatically increased recently. A database that can comprehensively col...
scRNAseq可谓是目前科研界研究细胞异质性的有效手段,正处于如火如荼的阶段。单细胞分析一个很重要目的就是为了确定细胞的类型。说到单细胞分析,大家第一时间想到的肯定是三大R包Seurat、monocle、scater,但是今天我准备给大家介绍一个新的R包metacell,可以用来聚类和注释细胞类型,功能堪比Seurat,但实现方法却很...
Step3:Database 在“数据库”部分,开发团队手动整理了43个空间转录组数据集(136个子数据集),这些数据集将随着公开可用空间转录组数据集的增加而不断增加。用户可以在指定物种和组织后查看任何感兴趣基因的空间表达。 Step4:Data Integration 在“数据集成”页面中,用户需上传他们处理过的scRNA-seq数据集和从“质量控制...
Step3:Database 在“数据库”部分,开发团队手动整理了43个空间转录组数据集(136个子数据集),这些数据集将随着公开可用空间转录组数据集的增加而不断增加。用户可以在指定物种和组织后查看任何感兴趣基因的空间表达。 Step4:Data Integration 在“数据集成”页面中,用户需上传他们处理过的scRNA-seq数据集和从“质量控制...
来自瑞典和美国的研究人员开发了PanglaoDB数据库,一个用于探索小鼠和人类scRNA-seq数据的网站,为单细胞组学研究提供最新的公共scRNA-seq数据资源。其相关研究成果已发表在《Database》。 PanglaoDB数据库,包含了超过1054个单细胞实验的预处理和预计算分析,涵盖了大多数主要的单细胞平台和分析流程,基于来自各种组织和器官的...