外显子和内含子读数的相对丰度,代表拼接和未拼接的转录物,可以用来推断scRNA-seq实验中的时间动态。RNAvelocity和scVelo等工具可以推断每个基因在细胞采样时的表达量是增加还是减少。 Differential expression 差异表达(DE)对于scRNA-seq来说更具挑战性,因为不仅仅是比较每个基因的单一数值,而是可以比较表达水平的分布。另...
外显子和内含子读数的相对丰度,代表拼接和未拼接的转录物,可以用来推断scRNA-seq实验中的时间动态。RNAvelocity和scVelo等工具可以推断每个基因在细胞采样时的表达量是增加还是减少。 Differential expression 差异表达(DE)对于scRNA-seq来说更具挑战性,因为不仅仅是比较每个基因的单一数值,而是可以比较表达水平的分布。另...
3. Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol Syst Biol. 2019;15(6):e8746. Published 2019 Jun 19. doi:10.15252/msb.20188746. 4. Amezquita, R.A., Lun, A.T.L., Becht, E. et al. Orchestrating single-cell analysis with Biocondu...
2. Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol Syst Biol. 2019;15(6):e8746. Published 2019 Jun 19. doi:10.15252/msb.20188746 3. Stuart T, Butler A, Hoffman P, et al. Comprehensive Integration of Single-Cell Data. Cell. 2019;177(...
scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析scRNA-seq数据的实验者提供了实践指南,...
一个刚刚考上研究生的年轻人只要拿到测序数据就可以做基本的分析,因为高通量技术的发展给单细胞测序天然培养了用户群。比如最近一直被大家学习的在线课程Analysis of single cell RNA-seq data在公众号,简书,知乎已经有大量的学习笔记产生了。 那么,为什么要使用单细胞测序?
2. Luecken MD, Theis FJ. Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial. Mol Syst Biol. 2019;15(6):e8746. Published 2019 Jun 19. doi:10.15252/msb.20188746 3. Stuart T, Butler A, Hoffman P, et al. Comprehensive Integration of Single-Cell Data. Cell. 2019;177...
scRNA-seq——质量控制 为什么需要Normalization和PCA分析 学习目标 对每个样本执行归一化、方差估计和最大差异基因的识别 使用最大差异的基因跨条件整合细胞,以鉴定彼此最相似的细胞 clustering analysis: aligning cells across conditions 现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行...
Single-cell RNA-seq data analysis workshop by the Harvard Chan Bioinformatics Core. Lessons - hands-on Introduction to single-cell RNA-seq analysis using Seurat/RStudio, starting from count matrices. Rockfeller University scRNAseq tutorial ASAP: Full pipeline on a project imported from the Human...
scRNA-seq聚类分析(一) 学习目标 对每个样本执行归一化、方差估计和最大差异基因的识别 使用最大差异的基因跨条件整合细胞,以鉴定彼此最相似的细胞 clustering analysis: aligning cells across conditions 现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行一些步骤。我们的数据集包含...