参考文献 Su M, Pan T, Chen Q Z, et al. Data analysis guidelines for single-cell RNA-seq in biomedical studies and clinical applications[J]. Military Medical Research, 2022, 9(1): 1-24.
这些方法的使用也受到其高成本的限制。10x Genomics公司宣布推出Visium HD,这是一种空间转录组学技术,分辨率比经典Visium高400倍,能够在单细胞水平上进行分析。 参考文献 Complex Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Data http://weixin.qq.com/r/LBG7oxLEhE-7rVbA90Q_ (二维码自动识别)...
Su M, Pan T, Chen Q Z, et al. Data analysis guidelines for single-cell RNA-seq in biomedical studies and clinical applications[J]. Military Medical Research, 2022, 9(1): 1-24. ・IP 属地湖北
scRNA-seq分析鉴定半月板祖细胞并揭示半月板变性的进展 文章题目:Single-cell RNA-seq analysis identifies meniscus progenitors and reveals the progression of meniscus degeneration期刊:ANNALS OF THE RHEUMATIC DISEASES 发表日期:2019年12月 DOI: http://dx.doi.org/10.1136/annrheumdis-2019-215926 摘要 解决问题...
analysis:cellranger聚类的结果 filtered_feature_bc_matrix:过滤后的单细胞表达矩阵(后续可以对接到seurat中) raw_feature_bc_matrix:过滤前的单细胞表达数据(一般不怎么使用) 文件 possorted_genome_bam.bam:单细胞比对的bam文件,其中包含了每个reads的信息 ...
[1] Alaterre E, Ovejero S, Bret C, et al. Integrative single-cell chromatin and tranome analysis of human plasma cell differentiation[J]. Blood Journal, 2024: blood. 2023023237. [2] Yan F, Suzuki A, Iwaya C, et al. Single-cell multiomics decodes regulatory programs for mouse secondar...
clustering analysis: aligning cells across conditions 现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行一些步骤。我们的数据集包含来自两个不同条件(Control and Stimulated)的两个样本,因此整合这些样本有助于更好地进行比较。在此之前,我们需要归一化我们的基因表达值,并根据我们数...
Single-cell resolution analysis reveals the preparation for reprogramming the fate of stem cell niche in cotton lateral meristem 课题背景 植物体细胞胚胎发生是一种将各种组织的体细胞体外培养,经历脱分化和再分化形成体细胞胚胎的过程。关于体细胞胚胎起源于外植体组织中的单个细胞还是多个细胞,以及控制细胞重新编程...
4# Single-cell RNA-seq analysis - QC 将R脚本保存为quality_control.R。此时的工作目录如下: 工作目录 加载R包没有安装的要提前安装。至于如何安装,可以看这个教程“【紧急通知】下载R包却联网失败?初学者的痛”1# Load libraries2library(SingleCellExperiment)3library(Seurat)4library(tidyverse)5library(...
Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis Gut; IF:24.500; DOI: 10.1136/gutjnl-2023-330243 推荐语:癌症转移是患者死亡的主要原因。然而,原发肿瘤中的不同癌细胞类型以及它们如何转移到靶器官在很大程度上仍未被发现...