什么是单细胞 RNA 测序(scRNA-Seq)数据? 单细胞 RNA 测序(single-cell RNA seq,scRNA-Seq)是一种用于分析单个细胞中基因表达水平的技术。即可以在单个细胞的水平上检测 RNA 表达。传统的 RNA 测序( Bulk RNA-Seq)方法只能测量样本整体的表达水平,而不能反映细胞间的异质性。
单细胞cDNA文库的多路转换和生物信息学计算技术的发展极大地扩展了从scRNA-seq数据中获得的信息范围。除了scRNA-seq的经典应用,如细胞周期期的测定、细胞簇的鉴定、差异表达和信号通路的分析以及细胞分型之外,它还可以研究决定细胞表型、预测细胞分化方向的各种遗传和表观遗传细胞特征 (CNVs、SNVs、染色质状态)。获取关...
单细胞RNA测序(scRNA-seq)SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分 单细胞RNA测序(scRNA-seq)Cellranger流程入门和数据质控 细胞定量是scRNA-seq重要的分析步骤,主要是进行细胞与基因的定量, cell ranger将比对、质控、定量都封装了起来,使用起来也相当便捷。 1. 参考基因组和注释文件准备 1.1 参考基因组、注释下载和参考基...
scRNA-seq——质量控制 为什么需要Normalization和PCA分析 学习目标 对每个样本执行归一化、方差估计和最大差异基因的识别 使用最大差异的基因跨条件整合细胞,以鉴定彼此最相似的细胞 clustering analysis: aligning cells across conditions 现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行...
02.scRNA-seq测序数据的计算分析指南 scRNA-seq是一种流行且功能强大的技术,可分析大量单个细胞的整个转录组。然而对这些实验生成的大量数据的分析需要专门的统计和计算方法。 2020年12月,来自英国威康桑格研究所和澳大利亚墨尔本大学的研究团队在《Nature Protocols》杂志发表综述:scRNA-seq测序数据的计算分析指南,为分析...
Cell Ranger 是 10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件,直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。所以Cell Ranger能做的分析有很多,我们今天主要学一下Cell Ranger的安装以及对单细胞RNA-Seq数据的定量。 Cell Ranger的官网:https://support.10xgenomics.com/single-cell...
单细胞转录组测序(scRNA-seq)是在单细胞水平上研究基因表达差异的技术,为细胞异质性研究提供了有力手段。而单细胞ATAC测序(scATAC-seq)是利用转座酶在单细胞水平上研究染色质开放性的技术,可以提供高分辨率的单细胞染色质开放图谱,有助于深入研究细胞异质性的表观遗传调控机理。它们的研究对象一个是mRNA,一个是染色...
有效降维对于scRNA-seq分析至关重要。主成分分析(PCA)被广泛使用,但需要连续的、正态分布的数据;因此,它经常与scRNA-seq应用中的对数变换相结合,这可能会扭曲数据并掩盖有意义的变化。近日《Scientific Reports》发表了一种基于计数的PCA替代方案:对应分析(correspondence analysis,CA),其基于卡方残差矩阵的分解,避免了...
英文标题:Integrated analysis of plasma and single immune cells uncovers metabolic changes in individuals with COVID-19 发表期刊:Nature Biotechnology 发表时间:2021年9月 技术策略:scRNA-seq,代谢组 影响因子:68.2 物种样本:COVID-19患者血浆 本研究通过对临床诊断后第一周收集的血浆代谢物分析以及单细胞转录组...
scRNA-seq聚类分析(一) 学习目标 对每个样本执行归一化、方差估计和最大差异基因的识别 使用最大差异的基因跨条件整合细胞,以鉴定彼此最相似的细胞 clustering analysis: aligning cells across conditions 现在我们有了高质量的细胞,在将细胞聚类并确定不同的潜在细胞类型之前,我们需要执行一些步骤。我们的数据集包含...