单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种用于对单个细胞的基因表达进行高分辨率测序的技术,能够揭示不同细胞类型在疾病中的作用。这种方法帮助研究人员精确定位疾病相关的关键细胞类型和基因。 文章标题 Integrated analysis of single cell-RNA sequencing and Mendelian randomization identifies lactate dehydrogenase B as a target...
R: scRNAseq scater分析单细胞转录组 来自:Single-cell analysis toolkit for expression in R 1 安装依赖 # scater 数据可视化if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("scater")library("scater")BiocManager::install("scRNAseq")library("scRNAseq")...
接下来,点击Rstudio左上角的+号,新建一个R script文件,并在开头加上一些注释,以说明此文件将包含的内容: # February 2020 # HBC single-cell RNA-seq workshop # Single-cell RNA-seq analysis - QC 将R script另存为quality_control.R。你的工作目录应该如下所示: 安装R包 安装分析需要的各种R包和...
2# HBC single-cell RNA-seq workshop34# Single-cell RNA-seq analysis - QC 将R脚本保存为quality_control.R。此时的工作目录如下: 工作目录 加载R包没有安装的要提前安装。至于如何安装,可以看这个教程“【紧急通知】下载R包却联网失败?初学者的痛”1# Load libraries2library(SingleCellExperiment)3library...
在对scRNA-seq的数据做常规流程分析的时候,最重要的一步就是给定细胞亚群的名字,那么这时候所用的方法就很关键。现在人们普遍使用的注释方法有手动注释、R包注释。但是不管怎么注释,都是离不开marker gene的。所以我今天想跟大家分析一下这篇文献,是关于在做scRNA-seq的细胞亚群注释时,所用的挑选marker gene的方法...
1# Single-cell RNA-seq analysis - clustering analysis 2 3# Load libraries 4library(Seurat) 5library(tidyverse) 6library(RCurl) 7library(cowplot) 为了执行分析,Seurat要求数据作为seurat对象存在。我们已经在质量控制课程(filtered_seurat)中创建了该对象,因此我们可以直接使用它。
visualizationdatavizscrna-seqscientifictranscriptomics UpdatedOct 11, 2024 JavaScript A list of scRNA-seq analysis tools scrna-seqsingle-cell UpdatedOct 11, 2024 R immunogenomics/harmony Star521 Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony ...
图5. 部分常用的scRNA-seq(Chen, G., et al. (2019). "Single-Cell RNA-Seq Technologies and Related Computational Data Analysis." Frontiers in Genetics 10(317).) PART. 02 单细胞RNA测序技术原理 单细胞测序基本流程通常分为以下几个部分:单细胞分离、基...
Cell Ranger 是 10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件,直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。所以Cell Ranger能做的分析有很多,我们今天主要学一下Cell Ranger的安装以及对单细胞RNA-Seq数据的定量。 Cell Ranger的官网:https://support.10xgenomics.com/single-cell...
单细胞转录组(scRNA-seq)分析01 | Scater包的使用 一、介绍 用于单细胞RNA-seq数据 提供严格的质量控制:将原始测序读数处理为可用于下游分析的高质量表达数据集 提供了丰富的绘图工具套件 R包地址:http://bioconductor.org/packages/scater 二、工作流 三、常用函数...