5 $samtools view -sbfile.sam >file.bam $samtools view -sbfile.sam -ofile.bam #sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools viewfile.bam>file.sam$samtools view -hfile.bam -ofile.sam#bam文件转换为sam文件 2.对bam文件进行排序 1 $samtoolssort-n -ofile.sortfile.bam#...
5 $samtools view -sbfile.sam >file.bam $samtools view -sbfile.sam -ofile.bam #sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools viewfile.bam>file.sam$samtools view -hfile.bam -ofile.sam#bam文件转换为sam文件 2.对bam文件进行排序 1 $samtoolssort-n -ofile.sortfile.bam#...
能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令,我这里主要介绍几个: samtools官网:http://www.htslib.org/ 一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javasc...
samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam 案例三:建立索引 samtools faidx ref.fna samtools index A1.sorted.bam 案例四:提取序列 samtools faidx /ifs1/Database/GATK/b37/human_g1k_v37.fasta 1 ...
利用samtools view 命令可将bwa比对生成的为sam(sequence Alignment mapping)文件,将SAM转换为二进制对应的BAM格式。 bwamemref.fastasample_R1.fq.gzsample_R2.fq.gz|samtoolsview-Sb->sample.bam samtools提取比对结果 # 提取比对到参考序列上的比对结果samtoolsview-bF4sample.bam>sample_mapped.bam# 提取paired ...
samtools view input.bam | sort -k3,3n -k4,4n | samtools view -Sb - > input_sorted.bam samtools sort input_sorted.bam -o output.sorted.bam 如果问题依旧存在,考虑更新samtools到最新版本,或者检查是否有其他依赖库或工具需要更新。 使用其他工具进行排序: 如果samtools sort持续失败,你可以尝试使...
samtools view -Sb sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.sam > sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam samtools sort sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam -o sample_reads/样本目录/post_host/样本_host_sorted.bam samtools view -b -f 4 sample_reads/样本目录/post_host/样本...
samtools view -Sb sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.sam > sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam samtools sort sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam -o sample_reads/样本目录/post_host/样本_host_sorted.bam samtools view -b -f 4 sample_reads/样本目录/post_host/样本...
'=' ='bases bedcovreaddepthperBEDregiontargetcutcutfosmidregions(forfosmidpoolonly)phasephaseheterozygotesbamshufshuffleandgroupalignmentsbyname ./samtoolsview Usage:samtoolsview[options]|[region1[...]] Options:-boutputBAM -hprintheaderfortheSAMoutput ...
Ask away! Hello, My workflow seems to be failing as a result of what I think is a samtools error. Command: minimap2 -t 4 -ax splice -uf -p 1.0 "genome_index.mmi" "seqs.fastq.gz" | samtools view -Sb > "output.bam" 3499 samtools sort -@ 4 ...