能够实现二进制查看、格式转换、排序及合并等功能,结合sam格式中的flag、tag等信息,还可以完成比对结果的统计汇总。同时利用linux中的grep、awk等操作命令,还可以大大扩展samtools的使用范围与功能。包含有许多命令,我这里主要介绍几个: samtools官网:http://www.htslib.org/ 一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javasc...
案例一:sam和bam格式转换 samtools view -Sb -o A1.bam /ifs1/Sequencing/A1.sam 案例二:排序 samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o A1.sorted.bam A1.bam 案例三:建立索引 samtools faidx ref.fna samtools index A1.sorted.bam 案例四:提取序列 samtools faidx /ifs1/Database/GATK/b37/human_...
fq.gz | samtools view -Sb - > sample.bam samtools提取比对结果 # 提取比对到参考序列上的比对结果 samtools view -bF 4 sample.bam > sample_mapped.bam # 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可; samtools view -bF 12 sample.bam > sample...
bedcovreaddepthperBEDregiontargetcutcutfosmidregions(forfosmidpoolonly)phasephaseheterozygotesbamshufshuffleandgroupalignmentsbyname ./samtoolsview Usage:samtoolsview[options]|[region1[...]] Options:-boutputBAM -hprintheaderfortheSAMoutput -Hprintheaderonly(noalignments) ...
$samtools view -sbfile.sam -ofile.bam #sam文件转换为bam,-s 输入文件为sam -b 输出文件为bam $samtools viewfile.bam>file.sam$samtools view -hfile.bam -ofile.sam#bam文件转换为sam文件 2.对bam文件进行排序 1 $samtoolssort-n -ofile.sortfile.bam#以reads的名字排序,输入file.bam 输出file.sort...
samtools view input.bam | sort -k3,3n -k4,4n | samtools view -Sb - > input_sorted.bam samtools sort input_sorted.bam -o output.sorted.bam 如果问题依旧存在,考虑更新samtools到最新版本,或者检查是否有其他依赖库或工具需要更新。 使用其他工具进行排序: 如果samtools sort持续失败,你可以尝试使...
$samtoolsdir/samtools view -@ $NP -Sb $out/bwamem_$sample.sam -o $out/bwamem_$sample.bam -@ 硬件参数 -S 输入为SAM文件 -b 输出为BAM文件 -o 指定输出文件 $samtoolsdir/samtoolssort-@ $NP $out/bwamem_$sample.bam -o $out/bwamem_$sample.sorted.bam ...
samtools view -Sb sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.sam > sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam samtools sort sample_reads/样本目录/post_host/样本_host.bam -o sample_reads/样本目录/post_host/样本_host_sorted.bam samtools view -b -f 4 sample_reads/样本目录/post_host/样本...
20 224941 . T A 222 PASS DP=86;VDB=0.47247;SGB=-0.693146;RPB=0.883981;MQB=1;MQSB=1;BQB=0.913137;MQ0F=0;ICB=1;HOB=0.5;AC=1;AN=2;DP4=20,22,22,21;MQ=60 GT:PL 0/1:255,0,255 20 224971 . G A 222 PASS DP=85;VDB=0.260887;SGB=-0.693145;RPB=0.8548;MQB=0.982719;MQSB=0.98098...
Ask away! Hello, My workflow seems to be failing as a result of what I think is a samtools error. Command: minimap2 -t 4 -ax splice -uf -p 1.0 "genome_index.mmi" "seqs.fastq.gz" | samtools view -Sb > "output.bam" 3499 samtools sort -@ 4 ...