在samtools stats结果中,有以下几个关键指标需要解读。 1. RAW READS:原始读取数 这个指标代表测序过程中产生的原始读取数。原始读取数越高,代表测序数据越全面、可靠。 2. FILTERED READS:过滤后的读取数 该指标表示基于一些质量控制标准,经过过滤的读取数。过滤的目的是去除低质量读取、可能存在的污染或重复序列等...
Samtools stats分析比对文件的每一条比对记录,并将各种统计信息聚合在一起。它会生成两个类型的输出文件:总的统计结果文件和染色体级别的统计结果文件。总的统计结果文件包含了关于比对数据集中每一条比对记录的总体统计信息,而染色体级别的统计结果文件则记录了每个染色体或参考序列的统计信息。
samtools stats 是一个非常有用的工具，用于生成 bam 文件的统计信息，例如比对数、覆盖度等。在处理多...
bcftools stats -F <ref.fa> -s - <study.vcf.gz> > <study.vcf.gz.stats> 可以如此过滤VCF文件: bcftools filter -O z -o <study_filtered..vcf.gz> -s LOWQUAL -i'%QUAL>10' <study.vcf.gz> @SQ记录的是染色体相关的位置,若没有这一列则在转BAM时: samtools faidx ref.fa 若SAM中已包含...
plot-vcfstats -p plots/ <study.vcf.gz.stats> 可以如此过滤VCF文件: bcftools filter -O z -o <study_filtered..vcf.gz> -s LOWQUAL -i'%QUAL>10' <study.vcf.gz> @SQ记录的是染色体相关的位置,若没有这一列则在转BAM时: samtools faidx ref.fa ...
stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等 faidx对fasta文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。该命令也能依据索引文件快速提取fasta文件中的某一条(子)序列 tview查看reads比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能 markdup标记重复序列,在duplicate read上标注,并没有将它从sam文件中去除 ...
samtools stats test.bam 输出的信息比较多,部分如下: Summary Numbers,raw total sequences,filtered sequences, reads mapped, reads mapped and paired,reads properly paired等信息 Fragment Qualitites:根据cycle统计每个位点上的碱基质量分布 Coverage distribution:深度为1,2,3,,,的碱基数目 ...
flagstat simple stats idxstats BAM index stats phase phase heterozygotes stats generate stats (former bamcheck) 示例: 2.6.1)samtools depth RNA-seq.bam >depth.out #统计depth信息 2.6.2)samtools flagstat RNA-seq.bam >flagstat.out # 统计大致信息 ...
Retrieve and print stats in the index file corresponding to the input file. Before calling idxstats, the input BAM file must be indexed by samtools index. The output is TAB-delimited with each line consisting of reference sequence name, sequence length, # mapped reads and # unmapped reads. It...
stats:生成关于比对数据的统计信息,如测序覆盖度、比对质量等; faidx对 fasta 文件建立索引,生成的索引文件以.fai后缀结尾。 tview查看 reads 比对到基因组的情况,类似基因组浏览器的功能。 markdup标记重复序列,但并没有将其去除。 samtools 安装方式 下载地址:http://www.htslib.org/download/ ...