目前已知染色质修饰因子MORC和HDAC3是基因性分化的关键基因,apetala蛋白(AP2)会和MORC协同作用共同调控基因表达,它们被认为是所有类囊体物种生命周期转换的重要调节因子。本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示...
转录组分析(RNA-seq)📈 从原始测序结果文件到下游差异基因表达分析,包括GO/KEGG富集分析。 circRNA-seq🔄 分析circRNA的表达模式和功能。 chip-seq数据分析🔍 从原始测序文件到最终motif的全面分析。 CUTTag数据分析✂️ 处理CUTTag数据,揭示基因组中的特定序列。 ATAC-seq🌐 分析染色质可及性,了解基因组...
2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点富含凋亡靶点。且肝脏不能上调这些基因并不是因为基因占有率降低。小鼠模型实验表明,p53的C末...
本文作者首先利CRISPR-cas9和RNA-seq技术,从PTEN缺陷前列腺癌(PCa)细胞中筛选到了调控染色质重构的BRG1,接着利用一些列CoIP及Western实验验证了PTEN是通过PTEN/AKT/GSK3β/FBXW7轴来调控BRG1的泛素化降解,以此来调控BRG1的稳定性。然后,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq联合分析BRG1调控的下游靶基因,并进一步证明了...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示它们对弓形虫生殖细胞发育过程的影响。 主要研究结果 1. AP2介导裂殖子基因沉默 裂殖子作为启动有性生殖的关键阶段,具有独特的转录特征。在本研究中,我们筛选出一...
ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2/scripts/install_conda_env.sh的安装方法。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...
seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-seq等...
RNA-seq和ChIP-seq显示p53辐射反应具有共有性和组织特异性 肝脏p53靶向凋亡靶基因,但不能调控其表达 p53C末端抑制肝细胞凋亡基因,具有放射抗性 p53C末端是肝脏特异性基因对辐射反应所必需的 图形摘要 材料方法: 样本处理:对21日龄不同基因型C57/Bl6小鼠进行2Gy精密X射线照射。X光照射的小鼠和年龄匹配的未受照射的...
这是目前发现不错的ATAC系列,原作者在简书也有更新https://www.jianshu.com/u/d5b900bea027 ATAC系列连载: ATAC-Seq入门加高阶传送门(点击进入交流群) 第1篇:ATAC-seq的背景介绍以及与ChIP-Seq的异同 第2篇:原始数据的质控、比对和过滤 第3篇:用MACS2软件call peaks ...