随后,作者探讨了BcHda1和BcDIM5在基因抑制过程中的生物学联系。 RNA-seq分析表明,ΔBcdim5和ΔBchda1菌株的DEGs具有相同的失调方向,且上调基因(611个上调基因)存在显著重叠。同时,上调的交集中有193个基因,在ΔBcdim5和ΔBchda1菌株中缺少或减少了H3K9me3修饰,表明BcDIM5和BcHda1对这些基因的转录沉默是必需的...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
rnaseq上调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif rnaseq下调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组...
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
易基因|ChIP-seq和 RNA-seq联合分析 2022年2月17日,《Mol Metab》杂志在线发表了题为“Sperm histone H3 lysine 4 tri-methylation serves as a metabolic sensor of paternal obesity and is associated with the inheritance of metabolic dysfunction”的研究论文,该研究通过转录组测序(RNA-seq)和染色质免疫共...
ChIP-seq:2组样本(WT植物和ABF1V-1转基因株系),4周龄水稻幼苗。 RNA-seq:4组样本(WT植物、ABF1V-1和ABF1E-1转基因株系、干旱处理的WT-D),4周龄水稻幼苗,其中WT-D组进行4小时PEG处理。 平台:Illumina HiSeq 2000 1. 通过分析ChIP-seq数据鉴定ABF1V结合位点 ...