随后,作者探讨了BcHda1和BcDIM5在基因抑制过程中的生物学联系。 RNA-seq分析表明,ΔBcdim5和ΔBchda1菌株的DEGs具有相同的失调方向,且上调基因(611个上调基因)存在显著重叠。同时,上调的交集中有193个基因,在ΔBcdim5和ΔBchda1菌株中缺少或减少了H3K9me3修饰,表明BcDIM5和BcHda1对这些基因的转录沉默是必需的...
E2F结合上调基因列表中富集的GO类别主要指DNA修复、重组修复以及对伽马辐射和X射线的反应。从下调基因和上调基因中选择一些基因进行定量 RT-PCR分析,证实了 RNA-Seq 的结果(图8B,C)。值得注意的是,在e2fa-2 e2fb-1双突变体中上调的PARP1和SMR7基因的表达在e2fa-2 e2fb-1 sog1三重突变体中受到抑制。与没...
rnaseq上调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif rnaseq下调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation ...
易基因|ChIP-seq和 RNA-seq联合分析 2022年2月17日,《Mol Metab》杂志在线发表了题为“Sperm histone H3 lysine 4 tri-methylation serves as a metabolic sensor of paternal obesity and is associated with the inheritance of metabolic dysfunction”的研究论文,该研究通过转录组测序(RNA-seq)和染色质免疫共...
ChIP-seq 分析流程 (1) 质控。与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对比对结果进行排序,以及去除PCR...
proximal区域是 ESRRB, SF1 and TAL 这个时候,仍然是标准分析。 转录组数据主要是差异分析和生物学功能富集 差异分析就是上下调基因的热图: 上下调基因的热图 上下调基因列表分开独立去进行生物学功能数据库注释: 生物学功能数据库注释 重头戏是ChIP-seq和RNA-Seq联合分析 ...
1.3 RNA-Seq需要的hisat2的索引文件 可以根据参考基因组构建,但是推荐下载构建好的索引。 http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens QQ截图20220822104616.png ##浏览器下载bdgp6.tar.gz 或者wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/bdgp6.tar.gz ...
(3) ChIP-seq Peak 区域分析; (4) RNA-seq差异表达基因分析; (5) 高级分析及整合分析; (6) 实验验证。 4. 实验思路: 5.参考文献 (1)Laurent A, Calabrese M, Warnatz HJ, et al. ChIP-Seq and RNA-Seq Analyses Identify Components of the Wnt and Fgf Signaling Pathways as Prep1 Target Genes...
最后证明利用BGR1抑制剂PFI-3能有效治疗PCa小鼠。其亮点在于在细胞和动物实验中同时验证了PTEN-BRG1的合成致死机制,利用RNA-seq、ChIP-seq及ATAC-seq的联合分析解析了染色重构ATP酶-BRG1的下游调控通路,绝对是一篇值得借鉴的表观调控研究的经典文献。