除了ABA基因簇外,作者还对另外两个已知的毒力因子(BOT和BOA)进行了分析。RNA-seq数据显示,ΔBchda1菌株中BOA和BOT基因簇的表达水平保持不变。然而,在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15、Bcboa16、Bcboa17以及整个BOT基因簇(Bcbot1-5)的表达水平下调。IGV显示在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15和Bcboa16基因...
E2F结合上调基因列表中富集的GO类别主要指DNA修复、重组修复以及对伽马辐射和X射线的反应。从下调基因和上调基因中选择一些基因进行定量 RT-PCR分析,证实了 RNA-Seq 的结果(图8B,C)。值得注意的是,在e2fa-2 e2fb-1双突变体中上调的PARP1和SMR7基因的表达在e2fa-2 e2fb-1 sog1三重突变体中受到抑制。与没...
venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_up'=up_genes),filename ='venn1.png', scaled = F, alpha=0.5,cex=1,fill=c('#FFFFCC','#CCFFFF'),cat.dist=0.05,cat.pos = 0) venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_down'=down_genes),...
胸腺和脾脏在体内全身辐射后会触发p53依赖性凋亡,但这种肝脏特异性抗性的分子机制尚不清楚。 2023年03月28日,美国西奈山伊坎医学院James J. Manfredi团队通过对经辐射处理的小鼠器官进行联合RNA测序(RNA-seq)和染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)分析,鉴定出共有的和组织特异性p53转录反应,揭示了胸腺和脾脏共有的p53靶点...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...
本研究利用染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 和转录组测序(RNA-seq)技术,表明精子 h3k4me3可能作为一种代谢传感器,通过胞衣将父方的饮食与后代的表型联系起来。这种基于非 DNA 的遗传知识有可能提高我们对环境如何塑造遗传力的理解,并可能导致预防疾病的新途径。
CHIP-seq数据分析 基本流程 ChIP-seq 分析流程 (1) 质控。与RNA-seq数据分析流程类似,ChIP-seq获得的原始数据首先需要使用fastQC进行质量检测,并对不合格的数据进行进一步处理 (2) Mapping reads。Bowtie将测序获得的reads序列比对到参考基因组上,获得sam或者bam格式的比对文件,获得reads的位置信息。使用samtools软件对...
重头戏是ChIP-seq和RNA-Seq联合分析 其实就是取交集,因为ERα 的ChIP-seq数据得到的peaks对应的基因是已知并且固定的,所以把这个基因拿去跟转录组的差异分析上下调基因分别去取交集,做韦恩图,其中一个交集如下所示: 其中一个交集如下所示 并且对交集后的基因列表进行再次生物学功能数据库注释以及motif查看。
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
另外,通过对A基因过表达或敲除/干扰后,进行RNA-seq,寻找A基因影响的下游基因,通过ChIP-seq和RNA-seq的整合,进一步分析A调控的基因和及其结合位点,并通过real time PCR和双荧光素酶系统等实验进行验证。 筛选目的蛋白调控的靶基因及结合位点。