除了ABA基因簇外,作者还对另外两个已知的毒力因子(BOT和BOA)进行了分析。RNA-seq数据显示,ΔBchda1菌株中BOA和BOT基因簇的表达水平保持不变。然而,在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15、Bcboa16、Bcboa17以及整个BOT基因簇(Bcbot1-5)的表达水平下调。IGV显示在ΔBcdim5菌株中,Bcboa3、Bcboa15和Bcboa16基因...
venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_up'=up_genes),filename ='venn1.png', scaled = F, alpha=0.5,cex=1,fill=c('#FFFFCC','#CCFFFF'),cat.dist=0.05,cat.pos = 0) venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_down'=down_genes),...
venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_up'=up_genes),filename ='venn1.png', scaled = F, alpha=0.5,cex=1,fill=c('#FFFFCC','#CCFFFF'),cat.dist=0.05,cat.pos = 0) venn.diagram(x=list('chipseq'=rep1_peakAnno@anno$geneId,'rnaseq_down'=down_genes),...
1. ChIPseq reads 比对 在评估读取质量和我们应用的任何读取过滤之后，我们将希望将我们的读取与基因组...
Molecular Plant | ChIP-seq+RNA-seq解析E2F转录因子在植物复制胁迫响应中的独特和互补作用 生物体的生存完全依赖于它们对基因组完整性的维持,而基因组完整性受到增殖细胞复制胁迫的永久威胁。尽管植物DNA损伤反应(DDR)调节因子SOG1已被证明能够应对复制缺陷,但越来越多的证据表明,还有其他途径独立于SOG1发挥作用。
全面的RNA-seq分析显示,C末端在肝脏特异性p53靶点的转录激活中需要发挥额外作用。作者推测,抑制凋亡基因表达和增强肝脏特异性靶点激活都会导致组织特异性放射抵抗。相关研究成果以“In vivo RNA-seq and ChIP-seq analyses show an obligatory role for the C terminus of p53 in conferring tissue-specific radiation...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
理解了上面的测序深度和覆盖度的概念,我们就可以根据它们来区分WGS,WES,RNA-seq组与ChIP-seq,简单地说就是搞清楚这些组学要测什么,而且测多深即可。 全外显子(Whole-exome sequencing): 首先外显子组(Exome)是指真核生物基因组中全部外显子区域的总和,包含了蛋白质合成最直接的信息。外显子 组测序(Exome-...
本研究利用染色质免疫共沉淀测序 (ChIP-seq) 和转录组测序(RNA-seq)技术,表明精子 h3k4me3可能作为一种代谢传感器,通过胞衣将父方的饮食与后代的表型联系起来。这种基于非 DNA 的遗传知识有可能提高我们对环境如何塑造遗传力的理解,并可能导致预防疾病的新途径。
3. RNA-seq和ChIP-seq数据之间的Venn图重叠分析 ChIP-seq得到的与ABF1V 关联的3882个基因,通过Venn图重叠分析发现在ABF1V株系和WT-D中有242个OsABF1结合基因被上调。这些基因被认为是OsABF1直接调控干旱胁迫下的候选靶基因。 图4 RNA-seq和ChIP-seq重叠分析Venn图 ...