转录组测序(RNA-seq): 首先转录组是指在相同环境(或生理条件)下的在一个细胞、或一群细胞中所能转录出的所有RNA的总和,包括信使RNA(mRNA)、核糖体RNA(rRNA)、转运RNA(tRNA)及非编码RNA。转录组测序(RNA-seq)是将提取所要研究的特定类型的RNA,将其反转录成cDNA,利用高通量测序技术获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的
所以大家需要自己从这个文章里面的ChIP-seq和RNA-Seq的原始fastq文件开始,下载后,自己走我们的两个流程。就是前面的: 学徒第2月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 学徒第4月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...
RNA-seq分析表明,ΔBcdim5和ΔBchda1菌株的DEGs具有相同的失调方向,且上调基因(611个上调基因)存在显著重叠。同时,上调的交集中有193个基因,在ΔBcdim5和ΔBchda1菌株中缺少或减少了H3K9me3修饰,表明BcDIM5和BcHda1对这些基因的转录沉默是必需的(图4F)。此外,上调的交叉集中有158个基因与H3K9me3删除峰区域相...
第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STAT3基因的大部分exon都是等深度的,但是STAT3基因与其它基因的测序深度就不一样了,这个图没办法显示那么多。 第三层是WES测序,...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证,有力地支持了如下理论:AP2XII-1和AP2XI-2蛋白能够形成同源或异源二聚体,并通过与裂殖子基因启动子区域结合,进而招募MORC和HDAC3蛋白,最终实现对速殖子中裂殖子特异性基因的沉默。具体而言,MORC能够进一步组装成二聚体结构,在拓扑结构...
易基因|ChIP-seq和 RNA-seq联合分析 2022年2月17日,《Mol Metab》杂志在线发表了题为“Sperm histone H3 lysine 4 tri-methylation serves as a metabolic sensor of paternal obesity and is associated with the inheritance of metabolic dysfunction”的研究论文,该研究通过转录组测序(RNA-seq)和染色质免疫共...
因为是表观联合分析,所以全文分成两部分,ChIP-seq和RNA-Seq首先是各自独立处理,然后是合并分析 RNA-seq分析 数据下载 手动安装aspera,我用conda安装老报错,于是改用手动下载然后直接安装即可。 wget https://ak-delivery04-mul.dhe.ibm.com/sar/CMA/OSA/09cne/0/ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64....
使用阿拉伯糖、利福平处理并用Hi-C和RNA-seq分析T7 RNA-Pol诱导指数生长的细胞。在所有情况下,通过ChIP-seq量化,作者观察到短距离接触、转录轨迹和T7 RNA Pol之间的良好相关性(Spearman相关性在0.62和0.91之间)(图3,第一到第三行)。首先,与观察到相邻TU之间相互作用的天然TU相反(图1b),未观察到T7 TU对之间...
RNA-seq 和ChIP-seq数据关联分析生物实验 定制分析 多组学整合分析 SCI论文科研技术支持服务 文献检索查新及研究进展报告服务 其他优质服务 实验介绍 服务流程 送样要求 参考文献 留言咨询 ChIP-Seq 的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术( ChIP )特异性地富集目的蛋白A结合的 DNA 片段,并对其进行纯化与文库构建;...
最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...