最上面的是ChIP-seq数据,首先,测序深度都不高,而且测序深度极度的不稳定,深浅不一;其次,整个STAT3基因区域似乎都有覆盖到。 第二层是RNA-seq数据,可以看到只有exon对应的区域是有reads覆盖的,非常exon和intron的间隔非常明显,因为是PE测序,还可以看到不同的exon被同一个read跨越了intron连接起来了。至于测序深度,STA...
关于易基因染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq) 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术,可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定,为研究的深入开展打下基础。 DNA与蛋白质的相互作用与基因...
结合ChIP-seq分析,观察到ΔBcdim5在Bcstc3的外显子区域中H3K9me3占据增加,而在Bcpks1和Bcpks10的外显子区域中H3K9me3占据减少(图5A-D)。此外,在Bchda1-OE-X24菌株中,五个聚酮合酶Bcpks6、Bcpks9、Bcpks11、Bcpks1和Bcpks21基因的转录水平均增加。ChIP-qPCR分析显示Bcpks6和Bcpks21基因的启动子区域中...
rnaseq上调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif rnaseq下调gene和chipseq取交集,得到的gene的peak富集到的motif
fastqc-t20-o /picb/epiginome/usr/majunjie/DATA/RNA-Seq/fastq /picb/epigenome/usr/majunjie/DATA/RNA-Seq/MCF10AR1.fastq #-t 设置线程数 #-o 设置输出文件路径 查看建库之后的测序质量,若质量不过关需要去掉测序接头以及低质量的序列在进行进一步的分析。
RNA-seq 和ChIP-seq数据关联分析 生物实验 定制分析 多组学整合分析 SCI论文科研技术支持服务 文献检索查新及研究进展报告服务 其他优质服务 实验介绍 服务流程 送样要求 参考文献 留言咨询 ChIP-Seq的原理是:首先通过染色质免疫共沉淀技术( ChIP )特异性地富集目的蛋白A结合的 DNA 片段,并对其进行纯化与文库构建;...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示它们对弓形虫生殖细胞发育过程的影响。 主要研究结果 1. AP2介导裂殖子基因沉默 裂殖子作为启动有性生殖的关键阶段,具有独特的转录特征。在本研究中,我们筛选出一...
在利福平存在的情况下,RNA-seq和T7 RNA pol染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq;图2a,b)表明,染色体确实显示出从pT7启动子开始的单一TU。缺少邻近转录导致T7转录轨迹较长,覆盖约110-120 kb,而缺少利福平时为70 kb(图2a,b)。这一观察结果进一步支持了这样一种假设,即cyoABCD操纵子的最近天然转录峰的内源性大肠杆菌...
早期的RNA-seq实验从细胞群(如来源于某个组织或器官的细胞)中得到DGE数据,并可以应用于很多物种,如玉米(Zea mays),拟南芥(Arabiodopsis thaliana),酿酒酵母(Saccharomyces cerevisae),鼠(Mus musculus)和人(Homo sapiens)。虽然RNA-seq这个词通常包含很多不同的RNA相关的方法或生物应用,但DGE分析始终是它的主要应用...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-...