三、RNA-seq和ChIP-seq联合分析表明一些细胞色素氧化酶基因是候选的CsAtf1靶基因 根据RNA-seq和ChIP-seq的数据预测到共有3809个显著差异基因被CsAtf1直接调控(图3),其中2029个和1780个基因在∆CsAtf1突变体,这些基因与5922个peak相关。它们主要位于外显子(约49%)区和基因上游区域(约44%),这表明CsAtf1通过结合...
所以大家需要自己从这个文章里面的ChIP-seq和RNA-Seq的原始fastq文件开始,下载后,自己走我们的两个流程。就是前面的: 学徒第2月,RNA-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/38y7pmgzLg 密码:p6fo 学徒第4月,ChIP-seq数据分析实战训练:文档链接:https://mubu.com/doc/11taEb9ZYg 密码:wk29 ...
设计主要技术:Hi-C、ChIP-seq、RNA-seq、4C-seq等 1.在EBV和NPC宿主基因组之间鉴定了EBV相互作用区域 为了探索宿主和EBV基因组之间的染色质相互作用,作者对原代EBV阳性NPC细胞系C666-1进行了环状染色体构象捕获测序(4C-seq)(图1a)。由于EBV基因组的oriP区域与EBNA1介导的宿主基因组相互作用,作者在oriP区域附近...
RNA-seq和ChIP-seq的联合分析揭示了BcDIM5和BcHda1缺失导致H3K9me3修饰的正态分布和水平出现显著的全局缺陷。研究结论认为ABA基因簇由BcDIM5和BcHda1共同调控,对B. cinereaTB-31 ABA基因簇H3K9me3的正态分布至关重要。这项工作扩展了我们对ABA生物合成复杂调控网络的理解,为高产ABA菌株的遗传改良提供了理论基础。
T7 RNA Pol的染色质免疫沉淀显示在pT7处有强富集,而RNA-seq分析进一步证实了这种人工TU的强诱导作用(图2b)。由于T7 RNA Pol对细菌RNA Pol抑制剂利福平不敏感,作者推断用该药物治疗细胞应该突出由T7启动子诱导的单个转录单位,因为全基因组转录被关闭。在利福平存在的情况下,RNA-seq和T7 RNA pol染色质免疫沉淀...
RNA-seq和ChIP-seq显示p53辐射反应具有共有性和组织特异性 肝脏p53靶向凋亡靶基因,但不能调控其表达 p53C末端抑制肝细胞凋亡基因,具有放射抗性 p53C末端是肝脏特异性基因对辐射反应所必需的 图形摘要 材料方法: 样本处理:对21日龄不同基因型C57/Bl6小鼠进行2Gy精密X射线照射。X光照射的小鼠和年龄匹配的未受照射的...
有一个老师问,目前已经有了一个转录因子ChIP-seq的结果,之前也有做过RNA-seq,但是他不知道怎么可以更好的利用这两者数据进行深入的挖掘分析。正好想起来前几天内部交流的一个PPT,恰好可以解决老师的问题,讲的正是ChIP-seq和RNA-seq联合分析的内容。下面我们就来分享一下这个神器。
1.3 RNA-Seq需要的hisat2的索引文件 可以根据参考基因组构建,但是推荐下载构建好的索引。 http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#h-sapiens QQ截图20220822104616.png ##浏览器下载bdgp6.tar.gz 或者wget https://genome-idx.s3.amazonaws.com/hisat/bdgp6.tar.gz ...
RNA-seq数据分析:比对:TopHat2.0.6,lncRNA鉴定:PhyloCSF platform,DEGs分析。 ChIP-seq数据分析:比对:Bowtie2.2.3,Peak峰检测:MACS22.0.10,Peak关联基因查找、Binding Motif分析:MEME-ChIP、CHIP-seq和RNA-seq关联分析。 研究结果: ...