转录组测序（RNA-Seq，RNA sequencing）是通过高通量测序技术对生物体内全部转录产物（包括mRNA、非编码RNA等）进行测序的技术。转录组测序能够定量检测基因表达、发现新的转录本、分析基因结构变异和识别基因表达调控网络，是揭示基因功能和调控机制的重要手段。一、转录组测序的概念与原理 转录组是指一个细胞、组织或生...
所谓有参 RNAseq,主要是指有参考序列的 RNAseq 分析,如图所示,对于有参RNAseq 不需要对转录本进行拼接,而是将测序数据与参考基因组序列进行短序列比对,所有分析内容基于比对结果进行计算,包括差异表达基因筛选,可变剪切,预测新转录本等分析。 RNAseq denovo 分析中, 需要先进行拼接,拼接出一个基因集,然后将这个基因...
我们会举例说明RNA-seq在RNA生物学关键研究中的应用,包括转录和翻译的动力学分析,RNA结构,RNA-RNA和RNA-蛋白质间相互作用等。最后我们小小地展望一下RNA-seq的未来,如单细胞和空间转录组是否也会是以后的常规分析,在什么情况下long reads会替代short reads RNA-seq。不过篇幅有限,本文对RNA-seq分析还是有照顾不到...
RNA-seq可以做的大都是相关性研究,通过比较找到一些差异,从基因表达上给你的课题指明一定的方向,一般来说,单独做RNA-seq,有如下几个常见的目的。 1. 如果你的样本是实验组与对照组的关系,那么寻找差异基因是关键,这可以通过RNA变化来推测蛋白的差异。找差异基因的软件有很多,上面说的处理count的软件都可以。(这里...
转录组测序(RNA-Seq)的研究对象是特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有mRNA的总和。新一代高通量测序技术能够全面快速的获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,从而准确地分析基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学重要问题。
RNA-seq(RNA测序)技术已经成为探索疾病机制、开发药物以及个性化治疗的重要工具。然而传统RNA-seq技术对样本数量的要求较高,对于量极少的珍贵临床样本如组织、血液或细胞培养物常常面临样本量不足的困境。DRUG-seq2技术凭借其高灵敏度和低...
RNA-seq即转录组测序技术(Transcriptome sequencing),广义的定义为:对细胞内所有RNA(包括rRNA/ tRNA/ mRNA等)进行高通量测序,狭义的定义为:对细胞内mRNA进行高通量测序,临床检验实验室指的一般为狭义的转录组测序。 融合基因 融合基因(Fusion genes , FG)是...
现在我们已经很好地理解了通常用于RNA-seq的QC步骤,让我们为Mov10数据集进行QC。 5.1. 数据转换 转换MOV10数据集的归一化计数 为了促进PCA和层次聚类可视化方法的距离或聚类,我们需要通过对归一化计数应用rlog变换来调节均值的方差。 归一化计数的 rlog 转换仅在该质量评估期间对于这些可视化方法是必需的。我们不会使...
更详细地了解特定细胞或细胞样品中的 RNA(编码和非编码)含量,对于更好地理解正常生物学或疾病进展中的不同表达非常重要。 而微阵列