综上所述,此研究利用ATAC-seq技术,将数据与RNA-seq和FLGWAS数据整合,以全面理解WT和Li2突变体在纤维发育中的分子及遗传机制。研究确定了与纤维伸长相关的关键基因,为进一步研究棉花纤维伸长机制和表征参与Li2表型发育的特定基因提供了基础(图7)。这些关键基因的特征对于准确理解Li2突变体中短纤维表型的分子和遗传基础...
此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过DensityScatter()函数来直观展示。此外,设置quantiles=TRUE选项,可以帮助我们迅速确定不同质量控制指标的...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
对未受伤心肌和梗塞区的心脏成纤维细胞进行了ATAC-seq分析(图3),来研究在MI后心脏成纤维细胞的激活和分化过程中染色质的可及性。结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC...
为了研究染色质的开放性,目前有MNase-seq,Dnase-seq,ATAC-seq等,但是目前最常用的是2013年由斯坦福大学开发的ATAC-seq。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应用1。 Fig 2: Methods of Researching Chromatin Accessibility a nd ATAC-seq princ...
最后,整合RNA-seq和ATAC-seq数据,研究染色质状态的变化是否与DEGs相关。大多数DARs被定位于代表启动子可接近染色质的转录起始位点的300bp范围内,与对照组相比,Ru1处理组的转录起始位点区域的可及性有所增加。与预期的一样,基因表达水平与ATAC-seq信...
总之,该研究对两对在地理上重叠且翅膀图案几乎相同的袖蝶属蝴蝶进行ATAC-seq和RNA-seq联合分析,以评估基因表达和调控的守恒。尽管在四个亚种中,许多相同的基因都与翅膀的模式有关,但发现在不同发育阶段以开放染色质为代表的潜在调控区域通常不共享。同时还在单一谱系中发现了一个新的增强子,并通过CRISPR基因编辑实验...
结论3 单细胞分辨率ATAC-seq揭示了染色质可及性对基因表达的影响 Fig S11 尽管体细胞之间的基因组信息几乎是相同的,但为了通过细胞类型特异性的转录基因调控来实现其独特的生物学功能,需要基因组信息的不同使用,特别是通过细胞之间不同的染色质可及性来实现。迄今为止,大量RNA和ATAC-seq数据集显示出较低的相关性,...