综上所述,此研究利用ATAC-seq技术,将数据与RNA-seq和FLGWAS数据整合,以全面理解WT和Li2突变体在纤维发育中的分子及遗传机制。研究确定了与纤维伸长相关的关键基因,为进一步研究棉花纤维伸长机制和表征参与Li2表型发育的特定基因提供了基础(图7)。这些关键基因的特征对于准确理解Li2突变体中短纤维表型的分子和遗传基础...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
Genome Medicine(IF 10.4)一箭双雕!单细胞如何同时进行RNA-seq和ATAC-seq?, 视频播放量 69、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 1, 视频作者 科研显微镜, 作者简介 哈喽吖,我是小薇,致力于生物医学前沿研究,发表过多篇高水平论文,有问题可以咨
对未受伤心肌和梗塞区的心脏成纤维细胞进行了ATAC-seq分析(图3),来研究在MI后心脏成纤维细胞的激活和分化过程中染色质的可及性。结果发现ATAC-seq峰在转录起始位点 (TSS) 和转录终止位点 (TES) 区域以及外显子区域高度富集,而且ATAC...
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
1、RNA-seq 材料:miNSC(第10代小鼠诱导性神经干细胞)、小鼠皮质神经干细胞(SCR029)和小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)。 测序平台:Illumina HiSeq 4000。 2、ATAC-seq 材料:35000个MEF细胞,50,000个miNSC10细胞,50,000个SCR029细胞。 测序平台:Illumina HiSeq X Ten。
作者的目的是确定儿童T细胞白血病细胞受阻的发育阶段,并根据ATAC-Seq确定白血病发生机制。人健康T细胞的7个发育阶段的染色质可及性图谱显示,在T细胞成熟过程中染色质逐渐凝聚。2823个特征性染色质区域区分发育阶段的准确性为95%。SAE1周围的开放染色质被鉴定为最能区分...
涉及主要技术:Hi-C、RNA-seq、ATAC-seq、snATAC-seq、空间转录组 1.肾皮质和肾髓质基因表达的差异 作者将三名人类男性肾脏捐献者的肾组织解剖为皮质和髓质组织样本(图1)并进行了RNA-seq和ATAC-seq。在取样时间点的组织学评估显示,各自的肾脏区域有良好的代表性(图2a)。髓质样本仅包含外髓质(外条纹和内条纹),...
结论3 单细胞分辨率ATAC-seq揭示了染色质可及性对基因表达的影响 Fig S11 尽管体细胞之间的基因组信息几乎是相同的,但为了通过细胞类型特异性的转录基因调控来实现其独特的生物学功能,需要基因组信息的不同使用,特别是通过细胞之间不同的染色质可及性来实现。迄今为止,大量RNA和ATAC-seq数据集显示出较低的相关性,...