结合RNA-seq数据,总共有1062个临近的DEG同高开放性区域相关,785个同低开放性区域相关(图3E)。结果表明,大多数与高开放性区域相关的DEG显著上调,而与低开放性区域相关的DEG在所有生物学重复中显示出RNA表达水平显著下调(图3F),开放染色质区域内的基因往往具有更高的表达水平。经过进一步分析,基因表达的变化与位于TSS...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
图2.单侧肾切除后24h近端小管的ATAC-seq 3. 单侧肾切除后24h近端小管的RNA-seq 接下来,作者对术后24小时的S1近端小管进行了RNA-seq,探究HNF4α和PPARα靶基因的表达变化。与对照组相比,UNX组中有215个基因表达显著增加,95个基因表达减少(图3.A),基因富集分析(GSEA)结果显示脂肪酸代谢生物过程显著富集(图...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq之后需要做ChIP-seq来做进一步的验证。比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq...
单细胞水平的研究一直是近年来研究的热点,如单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞核测序等;多组学联用也是现在研究的趋势,为了解决在同一个单细胞水平能够进行多组学的检测,10x genomics在单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的基础上推出了...
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
Figure（1）scATAC-seq work flow 四、单细胞ATAC测序在肿瘤研究中的应用 北京大学张泽民教授团队结合单细胞 RNAseq、TCR-seq 和 ATAC-seq，收集接受化疗治疗：紫杉醇（11例）vs紫杉醇化疗联合阿替利珠单抗（PD-L1阻断剂）联合治疗（11例）治疗的共 22位TNBC 患者临床样本。研究肿瘤微环境和外周血中的免疫细胞...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...