结合RNA-seq数据,总共有1062个临近的DEG同高开放性区域相关,785个同低开放性区域相关(图3E)。结果表明,大多数与高开放性区域相关的DEG显著上调,而与低开放性区域相关的DEG在所有生物学重复中显示出RNA表达水平显著下调(图3F),开放染色质区域内的基因往往具有更高的表达水平。经过进一步分析,基因表达的变化与位于TSS...
通过整合RNA-seq和ATAC-seq分析获得的这些基因可能在RSV感染或RSV与宿主蛋白之间的相互作用中发挥重要作用,因此需要进一步研究。 图3:ATAC和RNA-seq联合分析 4. 联合分析基因的GO和KEGG途径富集分析 ATAC-seq和RNA-seq的DEGs进行GO富集发现水稻条纹病毒感染后,瓜氨酸相关的生物合成过程、细胞壁生物发生、核酸结合、细胞...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞...
Figure（1）scATAC-seq work flow 四、单细胞ATAC测序在肿瘤研究中的应用 北京大学张泽民教授团队结合单细胞 RNAseq、TCR-seq 和 ATAC-seq，收集接受化疗治疗：紫杉醇（11例）vs紫杉醇化疗联合阿替利珠单抗（PD-L1阻断剂）联合治疗（11例）治疗的共 22位TNBC 患者临床样本。研究肿瘤微环境和外周血中的免疫细胞...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。 2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。 3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。
ATAC-seq,全称 Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是 2013 年由斯坦福大学 William J. Greenleaf 和 Howard Y. Chang 实验室开发的用来研究染色质可及性(通常也理解为染色质的开放性)的方法。 真核生物的核 DNA 并不是裸露的,而是组蛋白与之结合。DNA 一圈一圈地缠绕在...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq(染色质转座酶可及性测序)是一种高效解析染色质开放区域的技术,通过Tn5转座酶靶向切割松散染色质并标记DNA,结合高通量测序揭示基因调控元件的位置与活性,在植物生理研究中也被广泛应用。例如,ATAC-seq联合RNA-seq和Ribo-seq,揭示茶树通过染色质重塑协同转录与翻译适应低温的分子策略;此外,该技术还用于拟南芥光...
翻译效率TE(FPKMribo-seq/FPKMRNA-seq)是RNA利用效率的关键指标。作者接着分析了植物如何通过改变TE响应低温胁迫。LT样本的TE中值低于CK样本,表明低温胁迫也会抑制茶树的TE。2287个基因TE增加,2686个基因TE减少。CK和LT样本的TE与转录水平相关性分别是-0.38和-0.37。结果表明基因表达水平增加,TE持续下降。说明TE的改...