ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
标题:Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes 期刊、影响因子:Molecular Metabolism(7.423) 导读葡萄糖稳态由胰腺α细胞和β细胞胞密切调节,它们分…
示例:Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes 本篇文章中,作者利用ATAC-seq检测人a和β细胞中开放的染色质区域。将这些开放性染色质图谱与已分类的人类α和β细胞的mRNA-seq数据进行关联,以识别可能负责调控细胞类型特异性表达特征基因的顺式调控元件。 ATAC...
ATAC-seq可在染色质开放性特征、调控元件定位等方面发挥作用,结合RNA-seq时可探究基因表达调控。本期文章从植物的基因调控网络视角出发,进一步了解该技术在生长发育、多倍体植物的基因表达模式、非生物胁迫、代谢调控和作物改良等方向的强大作用。 1 生长发育调控 2023年5月,中科院遗传与发育生物学研究所研究团队在Nature...
标题:Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes 期刊、影响因子:Molecular Metabolism(7.423) 导读 葡萄糖稳态由胰腺α细胞和β细胞胞密切调节,它们分别分泌胰高血糖素升高血糖和分泌胰岛素降低血糖。本研究中,作者利用ATAC-seq检测人α和β细胞中开放的染色质区...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用,例如ChIP-seq,或者三个以上的技术一起组合使用。
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用,例如ChIP-seq,或者三个以上的技术一起组合使用。
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...
We then combined the annotated differentially expressed genes (DEGs) and enriched transcriptional factors (TFs) targeting the promoter region from ATAC-seq results with the DEGs in RNA-seq, to identify key genes and pathways involved in alterations of biological processes and pathways in DS.Binding ...
总的来说,ATAC-seq与RNA-seq的联合分析重要的是如何从两种组学技术中挖掘相同或者不同的相关的差异表达基因,或者关注染色质开放性区域与转录调控层面的相关性,然后结合自身关注的生物学问题对挑选感兴趣的差异基因或者相关的生物学通路进行研究,有助于进一步了解表观遗传机制。