标题:Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes 期刊、影响因子:Molecular Metabolism(7.423) 导读葡萄糖稳态由胰腺α细胞和β细胞胞密切调节,它们分…
该研究通过Hi-C、ATAC-seq、BS-seq、RNA-seq等方法,发现胡杨异形叶为适应干旱而发生的发育(从幼年到成年的发育过程中依次出现条形叶、披针形叶、卵形叶以及阔卵形叶四种叶形)与功能分化是由不同表达的基因、DNA甲基化、染色质开放性和三维基因组重塑来调节的。 La(狭叶代表)和Ov(阔叶代表)叶片的染色质开放性和...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
对ATAC-seq所定义的开放染色质区域与一些糖尿病风险snp位点有重叠,以及对可能在α和β细胞中发挥重要作用的新转录因子有富集。本研究为未来胰岛细胞的数据支持和提供了多组学的研究途径。 参考文献: Ackermann A M , Wang Z , Schug J , et al. Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha ...
We then combined the annotated differentially expressed genes (DEGs) and enriched transcriptional factors (TFs) targeting the promoter region from ATAC-seq results with the DEGs in RNA-seq, to identify key genes and pathways involved in alterations of biological processes and pathways in DS.Binding ...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...
3.2. Integration of ATAC-seq and mRNA-seq results To determine whether cell type-selective open chromatin regions from the ATAC-seq analysis correlated with cell type-selective gene expression, we integrated our α- and β-cell ATAC-seq data with α- and β-cell mRNA-seq data. Overall, 785...
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...
与常温对照处理(CG,24℃)相比,RNA-seq分析发现梅花响应冷处理(CE,4℃)、冻处理(NF,–4℃)以及冷锻炼后冻处理(CF,先4℃再–4℃)基因整体表达水平存在差异,部分基因同时响应冷、冻以及冷锻炼后冻处理,其中91个差异表达基因参与Ca 2+ 信号转导途径、MAPK级联途径、ABA信号转导通路和ICE-CBF信号通路。ATAC-seq...
今天给大家介绍由新南威尔士州悉尼大学数学与统计学院Yingxin Lin等人在《bioRxiv预印本》上发表了一篇名为“scJoint: transfer learning for data integration of single-cell RNA-seq and ATAC-seq”的文章。文中提出了一种整合scRNA-seq和scATAC-seq数据的异构集合的转移学习方法(scJoint)。scJoint使用一个神经网...