综上所述,此研究利用ATAC-seq技术,将数据与RNA-seq和FLGWAS数据整合,以全面理解WT和Li2突变体在纤维发育中的分子及遗传机制。研究确定了与纤维伸长相关的关键基因,为进一步研究棉花纤维伸长机制和表征参与Li2表型发育的特定基因提供了基础(图7)。这些关键基因的特征对于准确理解Li2突变体中短纤维表型的分子和遗传基础...
一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验...
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞(42%±3% vs. 22%±5%,p值0.002)。相反,在髓质样本中,厚升肢细胞是最丰富的细胞类型(37%±4% vs. 17%±2%,p值...
图1 1-MCP处理后木瓜果实进行ATAC-seq和RNA-seq的工作流程。蓝色椭圆代表细胞核匀浆，黄色椭圆代表组织匀浆。研究思路：研究结果：11-MCP不同处理下的木瓜果实的染色质可及性图谱 首先，研究人员通过ATAC-seq分析了1-MCP短期或长期处理下木瓜果实染色质可及性的变化。PCA（Pearson correlation analysis）（图2A）显示...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。 2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。 3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。
RNA-seq得到的结果与此一致,E14.5鼠的视网膜中Ptf1a低表达,神经前体细胞标志物TF Sox2和Pax6高表达;与MEF相比,小鼠SCR029 NSC中Ptf1a未表达,而Sox2和Pax6高表达。同样,E11.5-E18小鼠CNS中Ptf1a显著低于神经前体细胞标志物TF Pax6、Olig2、Zfp521。这些结果表明,Ptf1a是一种非神经前体细胞TF,不太可能参与体内NSC...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq+RNA-seq联合分析,可以获得ATAC检测到的染色质高度可及性区域与对应转录本表达的相关性,以及对应转录本相关基因的上游调控序列,构建TF结合后的基因表达调控机制,从而整体分析该特定时空下从DNA到RNA的调控网络,并且相互验证,进一步结合基因功能分析、实验表型进行讨论,清晰展现从表观调控—基因表达—基因功能—表...