该研究结合ATAC-seq和RNA-seq数据,探索了染色质开放性和基因表达的系统改变,确定与多柔比星耐药MCF7(MCF7-DR)细胞中差异开放性的区域(DAR)相关的潜在调节因子及其靶标。研究小组展示了多柔比星耐药乳腺癌细胞中染色质开放性和转录水平的非遗传图景,并为检测关键转录因子和潜在的基于顺式调控元件的推定治疗靶标...
此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过 DensityScatter() 函数来直观展示。此外,设置 quantiles=TRUE 选项,可以帮助我们迅速确定不同质量...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA这篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq组学联合绘制1-甲基环丙烯（1-MCP）不同处理下的染色质可及性图谱，挖掘在1-MCP处理下影响果实成熟的关键转录因子以及靶标基因，
ATAC-seq之后需要做ChIP-seq来做进一步的验证。比如ATAC-seq得到peak后,从motif筛到了转录因子,那么结合ChIP-seq查看转录因子的作用位点,就可以知道是作用在promoter区域呢还是enhancer区域。 除此之外,由于单细胞RNA-seq的普及,目前还出现了一些新兴的scATAC-seq...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag 和 RNA-seq 等方法技术能够助力科研人员进行相关研究 ATAC-seq 的技术限制 Tn5 通过插入剪断 DNA 并将测序接头连接到剪断的两个 DNA 片段的末端,因此对...
表观研究涉及的范围非常广泛,包括DNA甲基化,组蛋白修饰,RNA的可变剪切,miRNA调控,转录调控,染色质可及性分析等。表观研究受限于研究技术手段的不成熟,一直被认为是基础生命科学研究的一个难点。数十年来,各国的科学家们一直致力于在表观研...
使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管细胞(42%±3% vs. 22%±5%,p值0.002)。相反,在髓质样本中,厚升肢细胞是最丰富的细胞类型(37%±4% vs. 17%±2%,p值...
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis. 最后: 对基因组学,转录组学,代谢组学等多组学感兴趣的老师可加入“APExBIO组学及生信”学术群,以参与数据统计分析、16S/18S/ITS扩增子分析、宏基因组测序、基因组类测序、转录类测序、蛋白组、代谢组等学术讨论和问题解...