此外,对于那些在RNA或ATAC检测中计数特别低或特别高的细胞,我们也会进行剔除。 DefaultAssay(pbmc) <- "ATAC" pbmc <- NucleosomeSignal(pbmc) pbmc <- TSSEnrichment(pbmc) 对象数据中变量之间的相互关系可以通过 DensityScatter() 函数来直观展示。此外,设置 quantiles=TRUE 选项,可以帮助我们迅速确定不同质量...
该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
Notch信号是一种典型的细胞接触依赖性信号通路,是NSC增殖和自我更新所需的信号通路,也是防止NSC不及时的神经分化所必需的信号通路。RNA-seq数据表明,相比于MEF,miNSC10和SCR029细胞中Notch信号相关基因Notch1、Dll1、Hes1和Hey1均显著上调,并且这些位点也显示出差异的ATAC-seq图谱,说明miNSC和NSC中的Notch信号均被激活...
Genome Medicine(IF 10.4)一箭双雕!单细胞如何同时进行RNA-seq和ATAC-seq?, 视频播放量 69、弹幕量 0、点赞数 2、投硬币枚数 0、收藏人数 2、转发人数 1, 视频作者 科研显微镜, 作者简介 哈喽吖,我是小薇,致力于生物医学前沿研究,发表过多篇高水平论文,有问题可以咨
低温胁迫下ATAC-seq结果概述 ATAC-seq是一种获得大量高重复性acrs(可接近染色质区域)reads的有效方法。在此次测序结果中,CK和LT组生物学重复理想,将在三个重复中均鉴定到的转座酶高度敏感(THS)区域用于进一步分析。CK样本中997个重复的THSs,LT样本中633个,共有226个。两组样本共有的THSs分布模式相似,主要分布在...
RNA聚类分析中，发现小麦再生过程中存在着时序基因表达，并且这种时序基因表达与染色质开放性高度相关；H3K27me3的减少和H3K4me3的增加与愈伤组织诱导后期的关键基因激活密切相关；基于转录与染色质开放性的高度相关，研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系...
最后,整合RNA-seq和ATAC-seq数据,研究染色质状态的变化是否与DEGs相关。大多数DARs被定位于代表启动子可接近染色质的转录起始位点的300bp范围内,与对照组相比,Ru1处理组的转录起始位点区域的可及性有所增加。与预期的一样,基因表达水平与ATAC-seq信...
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
单细胞水平的研究一直是近年来研究的热点,如单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞核测序等;多组学联用也是现在研究的趋势,为了解决在同一个单细胞水平能够进行多组学的检测,10x genomics在单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的基础上推出了...
结论3 单细胞分辨率ATAC-seq揭示了染色质可及性对基因表达的影响 Fig S11 尽管体细胞之间的基因组信息几乎是相同的,但为了通过细胞类型特异性的转录基因调控来实现其独特的生物学功能,需要基因组信息的不同使用,特别是通过细胞之间不同的染色质可及性来实现。迄今为止,大量RNA和ATAC-seq数据集显示出较低的相关性,...