该研究通过在单侧肾切除的小鼠模型中使用多组学方法(蛋白质组学、RNA-seq 和ATAC-seq等)识别肾近端小管中与代偿性肥大相关的信号传导过程,证明脂质激活转录因子PPARα 是近端小管代偿性肥大的重要决定因素,对肾脏代偿性肥大的机制有了更好的
标题:Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes 期刊、影响因子:Molecular Metabolism(7.423) 导读 葡萄糖稳态由胰腺α细胞和β细胞胞密切调节,它们分别分泌胰高血糖素升高血糖和分泌胰岛素降低血糖。本研究中,作者利用ATAC-seq检测人α和β细胞中开放的染色质区...
15天后,一半茶树被移入4℃的湿度、光周期相同的气候控制室内24h(LT处理组),另一半作为对照组(CK组),每组三个生物学重复,收集第二和第三片叶子,分别进行ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq。 图1 实验策略流程图 研究结果 1 ATAC-seq、RNA-seq、Ribo-seq结果概述 对照组(CK)和在4℃下处理了24h(低温,LT)植物样...
研究团队使用RNA-seq和ATAC-seq数据构造了转录调控网络，该网络中不同聚类的基因之间表现出顺序的调控关系；从中鉴定了446个核心转录因子，并推测它们可能与小麦遗传转化效率的品种间差异有关；通过对比
题目：ATAC-seq和RNA-seq联合揭示了AGL18在乙烯-生长素调节果实成熟中的作用期刊：Postharvest Biology and Technology发表时间：2022.5.26影响因子：6.751技术手段：ATAC-seq、RNA-seq、亚细胞定位、Y1H、双荧光素酶报告基因实验、ChIP-qPCR、EMSA这篇文章通过ATAC-seq和RNA-seq组学联合绘制1-甲基环丙烯（1-MCP）...
References：陈敏, 张峥, 孟紫媛,等. ATAC-seq在复杂疾病研究中的应用进展[J]. 遗传, 2020, 42(4):7.Ackermann A M, Wang Z, Schug J, et al. Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes[J]. Molecular metabolism, 2016, 5(3): 233-244....
与组织学结果一致,基于基因表达(RNA-seq)和染色质可及性(ATAC-seq)数据的PCA显示,皮质和髓质样本之间有明显的分离(图2b)。使用KPMP肾脏组织图谱中的snRNA-seq数据作为参考,作者使用BisqueRNA对大量RNA-seq数据中不同肾细胞类型的估计丰度进行了去卷积(图2c)。与预期的一样,在皮质样本中有更大比例的近端小管...
(annotation))# create a Seurat object containing the RNA adatapbmc<-CreateSeuratObject(counts=counts$`Gene Expression`,assay="RNA")# create ATAC assay and add it to the objectpbmc[["ATAC"]]<-CreateChromatinAssay(counts=counts$Peaks,sep=c(":","-"),fragments=fragpath,annotation=annotation)...
1、RNA-seq 材料:miNSC(第10代小鼠诱导性神经干细胞)、小鼠皮质神经干细胞(SCR029)和小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)。 测序平台:Illumina HiSeq 4000。 2、ATAC-seq 材料:35000个MEF细胞,50,000个miNSC10细胞,50,000个SCR029细胞。 测序平台:Illumina HiSeq X Ten。
Single-nucleus RNA and ATAC sequencing reveals the impact of chromatin accessibility on gene expression in Arabidopsis roots at the single-cell level 研究背景 组成植物的各种细胞类型的独特生物学功能取决于它们对相同基因组信息的不同使用,具体而言是产生细胞类型特异性的转录谱。基因组信息在细胞之间和细胞类型...