另一个思路是,通过ATAC-seq技术检测染色质开放区域的DNA,初步看一下分布在基因启动子区域的差异peak,随后进行RNA-seq实验,对差异peak注释基因与RNA差异表达基因的交集进行功能分析,以揭示其潜在的生物学功能,最终,结合实验进行验证,以确保研究结果的准确性。 2、ATAC-seq+Chip-seq+RNA-seq: ATAC-seq之后需要做Chip...
ChIP-seq基础入门 - 简书https://www.jianshu.com/p/a7b6ce208f98 Analysis of single cell RNA-seq data https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 生信技能树公益视频合辑:学习顺序是linux,r,软件安装,geo,小技巧,ngs组学!
BETA包括三个命令取决于输入数据格式和想要的输出数据(可以参考嘉因的帖子ChIP-seq和RNA-seq整合分析,BETA最擅长 | 自己分析数据的完美解决方案) BETA basic: 预测转录因子的功能是激活还是抑制,直接检测靶标 BETA plus:BETA basic + 靶标区域的motif分析 BETA minus:只基于结合数据的调控潜能的值预测TF靶基因 Nat ...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示它们对弓形虫生殖细胞发育过程的影响。 主要研究结果 1. AP2介导裂殖子基因沉默 裂殖子作为启动有性生殖的关键阶段,具有独特的转录特征。在本研究中,我们筛选出一...
为了证实这一假设，对用于ATAC-seq的相同植物样本进行了RNA-seq分析，以评估染色质的这些变化是否与相邻基因表达的变化有关。整合分析在正常和干旱条件下DAGs与上调DEGs的重叠部分，分别发现362和619个相同基因，占上调DEGs总数的49.93%和20.35%（图14a）。研究人员将这些基因定义为正常（N）和干旱（D）条件下的...
类似的性别+衰老,还有2020的NC文章《Sexual-dimorphism in human immune system aging》,也是 RNA-seq和ATAC-seq数据整合! RNA-seq和ATAC-seq数据就足够了吗 RNA-seq和ATAC-seq数据固然是从两个层面来说明了问题,但是研究者这个时候还做了 Cut and Run chipseq ...
ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安装比较麻烦,没有针对local的一键安装,但我们可以借鉴Dockerfile文件里面的安装方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2/scripts/install_conda_env.sh的安装方法。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 ...
Chip-seq是实验前明确有一个感兴趣的转录因子,根据目标转录因子设计抗体去做Chip-seq实验拉DNA,验证感兴趣的转录因子是否与DNA存在相互作用;而ATAC-Seq一般用于不知道特定的转录因子,是…
类似的性别+衰老,还有2020的NC文章《Sexual-dimorphism in human immune system aging》,也是 RNA-seq和ATAC-seq数据整合! RNA-seq和ATAC-seq数据就足够了吗 RNA-seq和ATAC-seq数据固然是从两个层面来说明了问题,但是研究者这个时候还做了 Cut and Run chipseq ...