本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示它们对弓形虫生殖细胞发育过程的影响。 主要研究结果 1. AP2介导裂殖子基因沉默 裂殖子作为启动有性生殖的关键阶段,具有独特的转录特征。在本研究中,我们筛选出一...
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ChIP），是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-Seq技术，可在...
目前已知染色质修饰因子MORC和HDAC3是基因性分化的关键基因,apetala蛋白(AP2)会和MORC协同作用共同调控基因表达,它们被认为是所有类囊体物种生命周期转换的重要调节因子。本研究通过整合RNA测序、蛋白质组学分析、ChIP-seq、ATAC-seq数据以及实验验证强调了两个AP2抑制因子在协调特定发育阶段遗传程序表达中的作用,从而揭示...
两个月从零基础开始, 单细胞测序、chipseq、RNAseq、Atacseq 空间转录组和外显子等。 将生信内容全部学懂(理解)、学会(会敲代码分析)、学透彻(站在顶层设计角度理解)、学以致用(用到自己的标书申请和文章发表中)。 主讲老师华哥:毕业于中山...
第4篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(一)——phantompeakqualtools 第5篇:对ATAC-Seq/ChIP-seq的质量评估(二)——ChIPQC 第6篇:重复样本的处理——IDR 第7篇:用Y叔的ChIPseeker对peaks进行注释和可视化 第8篇:用网页版工具做功能分析和motif分析
由于基因表达调控机制的复杂性,多种组学数据的整合分析,从不同的层面探究生物问题越来越重要。从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Se...
RNA-seq是从整体组织或细胞的转录水平,系统研究基因的转录图谱,其测定的数据中除了转录因子的表达信息外,还有其它基因的测定结果;ATAC-seq则是在全基因组范围内检测染色质的开放程度,得到全基因组范围内蛋白质可能结合的位点信息,从而筛选感兴趣的特定转录因子(在实际应用中ATAC-seq通常会与其他测序如RNA-seq、ChIP-...
从RNA-Seq层面,我们可以探究哪些基因具有显著差异,上调或下调;从ChIP-Seq层面,我们可以研究某个特定转录因子的调控作用;从ATAC-Seq我们可以了解到染色质可及性的动态变化,由于染色质的可及性与调控元件或转录因子的结合密切相关,在转录调控中发挥着重要的作用。因此,整合分析可以进一步探究调控某一生物学过程的关键因子...
方法:RNA提取、qRT-PCR、RNA-seq、ChIP-seq、TUNEL(通过标记核酸末端检测DNA片段)、免疫印迹。 研究结果: (1)DNA损伤诱导小鼠胸腺和脾脏的p53依赖性细胞凋亡,但不诱导肝脏凋亡 图1:DNA 损伤在胸腺和脾脏中诱导 p53 依赖性细胞凋亡,但不诱导肝脏凋亡,具有共有和组织特异性的 p53 转录反应 ...